Computational Design of Minimalistic Metallopeptides: ‘En Route’ to Disentangling the Catalytic Power of Metalloproteins
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-31419S
Alternative language
Project name in Czech
Počítačový design minimalistických metalopeptidů jako cesta k rozluštění katalytické účinnosti metaloproteinů
Annotation in Czech
Cílem předkládaného projektu je počítačový design malých katalytických metalopeptidů a vysoce specifických chelatujících peptidů. Druhá z výše uvedených částí projektu (chelatující peptidy) nám poslouží coby "proof-of-the-concept", a umožní nám postupně zdolávat obtížnější cíle projektu, jimiž jsou implementace katalytických vlastností do (metalo)peptidových sekvencí. Rovněž tato klíčová část projektu bude prováděna směrem od jednodušších systémů, jimiž jsou například hydrolytické enzymy s jedním iontem zinku v aktivním místě až k systémů vysoké složitosti, tedy modelovým metaloenzymům aktivujícím a štěpícím C-H či O=O vazby. Náš postup je založen na vývoji zcela nových a unikátních programů, které operují nad databází peptidových fragmentů získaných z Protein Data Bank a spojují tyto fragmenty do předem definovaného peptidového řetězce - se shodnou strukturou, jakou má aktivní místo metaloproteinu. Rovněž bude vytvořeno propojení s externími QM či QM/MM programy, které umožní teoretickou verifikaci možných katalytických vlastností nalezených struktur.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project should be evaluated as "very good", due to a large number of publications in prestigious journals and the remarkable progress in the field achieved. In particular we appreciate the understanding of metal atom bonding in metaloproteins and metalopeptides, as well as their catalytic activity.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
4,008 thou. CZK
Public financial support
4,008 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK