Grand-canonical description of the chemical reactions at constant pH.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-06909S
Alternative language
Project name in Czech
Grand-kánonický popis chemických reakcí při konstantním pH.
Annotation in Czech
Studium struktur a dynamiky kovových iontů koordinovaných s fragmenty oligonukleotidů, proteinů a peptidů (biomolekul) na molekulární úrovni slouží k ověření platnosti a předpovědi základních reakčních mechanismů kovových komplexů v biofyzikálních a biochemických procesech. Kvantově mechanické metody kombinované s molekulovým modelováním (QM/MM) jsou unikátním nástrojem pro takovéto studium, protože umožní zahrnutí relativně většího okolí reakčního centra a tím i jeho správné geometrické a elektronické uspořádání. Model pro výpočty konstantního pH vyžaduje zahrnutí struktur lišících se počtem aktivních protonů, které pak lze zkombinovat do potřebných Legendrových transformací Gibbsovy volné energie. Tímto přístupem budou studovány interakce Pt(II), Ru(II) a Au(I) komplexů s modely biomolekul, především oligopeptidů. Termodynamický a kinetický popis bude porovnán s naměřenými daty. V rámci projektu jsou plánovány experimenty ovlivnění enzymatické aktivity TrxR reduktázy komplexy Au(I). Experimentální uspořádání bude současně simulováno pomocí QM/MM kombinovaného přístupu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 1, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
7,197 thou. CZK
Public financial support
6,645 thou. CZK
Other public sources
552 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK