Structure and Dynaics of Bioinorganic Complexes
Project goals
Study of structure and dynamics of metal ions coordinated with fragments of oligonucleotides, proteins and peptides (biomolecules) at the molecular level helps to verify or predict basic reaction mechanisms metallocomplexes in biophysical and biochemicalprocesses. Quantum mechanical methods in combination with molecular modeling (QM/MM) represents unique tool for such studies. This project mainly focuses on the selectivity of the formation of coordination covalent bonds in specific parts of biomolecules, including effects of acticancer activity or mutagenity of the chosen compounds. The modern and efficient methods will be used for the determination of electronic, structural, and energetical aspects of the metal coordination with biomolecules. Resultsobtained for gas phase approach will be further corrected on a cellular environment using implicit or explicit solvent models.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P205-10-0228
Alternative language
Project name in Czech
Struktura a dynamika bioinorganických komplexů
Annotation in Czech
Studium struktur a dynamiky kovových iontů koordinovaných s fragmenty oligonukleotidů, proteinů a peptidů (biomolekul) na molekulární úrovni slouží k ověření platnosti popř. předpovědi základních reakčních mechanismů kovových komplexů v biofyzikálních abiochemických procesech. Kvantově mechanické metody kombinované s molekulovým modelováním (QM/MM) jsou unikátním nástrojem pro takovéto studium. Navrhovaný projekt bude zaměřen především na otázky selektivity vazby kovových komplexů ve specifických oblastech biomolekul, včetně efektů spojených s protinádorovou aktivitou a s mutagenitou vybraných sloučenin. Pro studium elektronických, strukturních a energetických aspektů koordinace kovů v biomolekulách budou využity nejmodernější počítačové metody. Výsledky získané pro systémy v plynné fázi budou dále opraveny na popis efektů kovových iontů v reálném (buněčném) prostředí použitím jak implicitních tak i explicitních modelů solvatace.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
CH - Nuclear and quantum chemistry, photo chemistry
10402 - Inorganic and nuclear chemistry
10403 - Physical chemistry
10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project provides original models for simulation of real bio-organic metallic complexes. Complete overview of the results is given in the project's summary card. Due to participation of students, the project has significant pedagogical importance. Publications: 21 papers in IF journals, 1 book chapter, many conference contributions. Further 3 papers in preparation. Grant funds used correctly.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2013
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 12, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP14-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 1, 2014
Finance
Total approved costs
4,396 thou. CZK
Public financial support
4,396 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
4 396 CZK thou.
Public support
4 396 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Solution period
01. 01. 2010 - 31. 12. 2013