All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Novel methods for computational prediction and visualization of secondary structures of ribosomal ribonucleic acids - an integrated solution

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    Standardní projekty 19 (SGA0201500001)

  • Main participants

    Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.<br>Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    15-00885S

Alternative language

  • Project name in Czech

    Nové metody pro předpověď a vizualizaci sekundárních struktur ribozomálních ribonukleových kyselin - integrované řešení

  • Annotation in Czech

    Ribozomální ribonukleová kyselina (rRNA) je esenciální pro proteinovou syntézu, jeden z nejzákladnějších biologických procesů. K porozumění jeho mechanismům je nezbytná znalost struktury rRNA, protože vytváří strukturní jádro syntetizující jednotky – ribozomu. Experimentální identifikace struktur rRNA je extrémně technicky obtížná. Sekundární struktura, zjednodušený strukturní model, může být předpovězená, ale předpověď pro rRNA je zkomplikovaná extrémní délkou sekvencí rRNA. Proto existuje jen několik struktur eukaryotických rRNA. My využijeme informaci o evolučně konzervovaných segmentech eukaryotických rRNA sekvencí k předpovědi sekundárních struktur. Vyvine se softwarové prostředí integrující předpovědní a vizualizační algoritmy a databázi předpovězených struktur. Předpovězené struktury se využijí k originální bioinformatické identifikaci evolučně konzervovaných strukturních motivů eukaryotických rRNA, které mohou ukázat nové aspekty role rRNA v syntéze proteinů.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    IN - Informatics

  • CEP - secondary branch

    BO - Biophysics

  • CEP - another secondary branch

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    The project team reached its fundamental research, publication and implementation goals in both the key areas of RNA secondary structure prediction and visualization. The key journal publications are strictly project relevant and appeared in high-quality bioinformatics journals. The software framework is publicly available through web pages, well-documented and equipped with examples of use.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2015

  • Realization period - end

    Apr 25, 2019

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Apr 27, 2017

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP20-GA0-GA-U/01:1

  • Data delivery date

    Jul 2, 2020

Finance

  • Total approved costs

    4,593 thou. CZK

  • Public financial support

    4,593 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK