Novel methods for computational prediction and visualization of secondary structures of ribosomal ribonucleic acids - an integrated solution
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.<br>Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-00885S
Alternative language
Project name in Czech
Nové metody pro předpověď a vizualizaci sekundárních struktur ribozomálních ribonukleových kyselin - integrované řešení
Annotation in Czech
Ribozomální ribonukleová kyselina (rRNA) je esenciální pro proteinovou syntézu, jeden z nejzákladnějších biologických procesů. K porozumění jeho mechanismům je nezbytná znalost struktury rRNA, protože vytváří strukturní jádro syntetizující jednotky – ribozomu. Experimentální identifikace struktur rRNA je extrémně technicky obtížná. Sekundární struktura, zjednodušený strukturní model, může být předpovězená, ale předpověď pro rRNA je zkomplikovaná extrémní délkou sekvencí rRNA. Proto existuje jen několik struktur eukaryotických rRNA. My využijeme informaci o evolučně konzervovaných segmentech eukaryotických rRNA sekvencí k předpovědi sekundárních struktur. Vyvine se softwarové prostředí integrující předpovědní a vizualizační algoritmy a databázi předpovězených struktur. Předpovězené struktury se využijí k originální bioinformatické identifikaci evolučně konzervovaných strukturních motivů eukaryotických rRNA, které mohou ukázat nové aspekty role rRNA v syntéze proteinů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project team reached its fundamental research, publication and implementation goals in both the key areas of RNA secondary structure prediction and visualization. The key journal publications are strictly project relevant and appeared in high-quality bioinformatics journals. The software framework is publicly available through web pages, well-documented and equipped with examples of use.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Apr 25, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 27, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2020
Finance
Total approved costs
4,593 thou. CZK
Public financial support
4,593 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK