Mistargeting of somatic hypermutation and its role in B cell genome instability
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-24776S
Alternative language
Project name in Czech
Chybné cílení somatických hypermutací a jeho vliv na nestabilitu genomu B lymfocytů
Annotation in Czech
Somatické hypermutace (SHM) vnášejí bodové mutace do imunoglobulinových (Ig) genů B lymfocytů v průběhu imunitní odpovědi. Tato reakce je zahájena deaminací cytosinu působením aktivací indukované deaminázy (AID) a ukončena zpracováním výsledných uracilů, při kterém dochází k chybám. I když jsou SHM směrovány cis elementem DIVAC (DIVersification Activator) do lokusu Ig, novější studie ukazují, že k SHM dochází i na jiných místech genomu; SHM tedy představují hrozbu pro stabilitu genomu. Tento problém studujeme pomocí našeho nového reportérového testu SHM založeného na retrovirových vektorech nesoucích náš speciálně vyvinutý fluorescenční marker (GFP7a), který ztrácí fluorescenci v důsledku aktivity SHM v buňce. Tyto vektory použijeme při hledání potenciálních neimunoglobulinových DIVAC elementů v genomu a při analýze (chybného) cílení a regulace SHM. Budeme sledovat genomové a epigenomové účinky na SHM aktivitu a snažit se stanovit SHM kapacitu i v jiných buňkách než B lymfocyty. Naše výsledky by mohly poskytnout nové poznatky o mechanismu SHM a jeho role při vzniku malignit.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EC - Immunology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30102 - Immunology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The researcher published 3 papers.First results were published in journal Viruses.A newly-published article in the Cell Reports is a highly valuable outcome of the author with a substantial contribution.Another article in the European Journal of Immunology addressed many milestones of the project.Papers bring results in the given field of science;thus the project can be considered as fulfilled.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Nov 29, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2020
Finance
Total approved costs
4,771 thou. CZK
Public financial support
4,771 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK