Multi-scale modeling of structure, dynamics and folding of DNA.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-13721S
Alternative language
Project name in Czech
Víceúrovňové modelování struktury, dynamiky a sbalování DNA.
Annotation in Czech
Tříletý projekt navrhuje špičkové teoretické studie struktury, dynamiky, energetiky a foldingu molekul DNA, využívající nejnovějšího rozvoje metodik počítačové chemie a hardwaru. Projekt je založen na synergii mezi metodami kvantové chemie a molekulové mechaniky, a využije plného spektra výpočetních metod zahrnujícího kvantovou chemii, hybridní kvantově-klasické přístupy, klasické simulace volné i se zvýšeným samplováním a „coarse-grained“ modelování. Projekt kombinuje řešení specifických problémů týkajících se současného výzkumu DNA s vývojem a testováním metodik. Hlavní témata zahrnují studium rozsáhlé skupiny guaninových kvadruplexů, se zvláštní pozorností věnovanou atomistickým modelům jejich foldingu, jejich sekvenčně-závislým konformačním preferencím a úloze jejich jednořetězcových smyček pro jejich stabilitu a vazbu ligandů, dále studium konformační variability B-DNA a vývoj optimálních protokolů pro rozsáhlé kvantově-chemické a hybridní studie kompletních stavebních bloků nukleových kyselin.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aims of the project have been achieved in an excellent way. The most important result is probably the new mechanism (kinetic partitioning mechanism) for the guanine quadruplex folding, which explains the experimantally observed extremely long time scale of this process. However, many other new results in the area of modelling of DNA structure and dynamics have been achieved.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 26, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2019
Finance
Total approved costs
4,284 thou. CZK
Public financial support
3,921 thou. CZK
Other public sources
361 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK