All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Multi-scale modeling of structure, dynamics and folding of DNA.

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    Standardní projekty 20 (SGA0201600001)

  • Main participants

    Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    16-13721S

Alternative language

  • Project name in Czech

    Víceúrovňové modelování struktury, dynamiky a sbalování DNA.

  • Annotation in Czech

    Tříletý projekt navrhuje špičkové teoretické studie struktury, dynamiky, energetiky a foldingu molekul DNA, využívající nejnovějšího rozvoje metodik počítačové chemie a hardwaru. Projekt je založen na synergii mezi metodami kvantové chemie a molekulové mechaniky, a využije plného spektra výpočetních metod zahrnujícího kvantovou chemii, hybridní kvantově-klasické přístupy, klasické simulace volné i se zvýšeným samplováním a „coarse-grained“ modelování. Projekt kombinuje řešení specifických problémů týkajících se současného výzkumu DNA s vývojem a testováním metodik. Hlavní témata zahrnují studium rozsáhlé skupiny guaninových kvadruplexů, se zvláštní pozorností věnovanou atomistickým modelům jejich foldingu, jejich sekvenčně-závislým konformačním preferencím a úloze jejich jednořetězcových smyček pro jejich stabilitu a vazbu ligandů, dále studium konformační variability B-DNA a vývoj optimálních protokolů pro rozsáhlé kvantově-chemické a hybridní studie kompletních stavebních bloků nukleových kyselin.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

  • CEP - secondary branch

  • CEP - another secondary branch

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10403 - Physical chemistry

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    The aims of the project have been achieved in an excellent way. The most important result is probably the new mechanism (kinetic partitioning mechanism) for the guanine quadruplex folding, which explains the experimantally observed extremely long time scale of this process. However, many other new results in the area of modelling of DNA structure and dynamics have been achieved.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2016

  • Realization period - end

    Dec 31, 2018

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Apr 26, 2018

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP19-GA0-GA-U/01:1

  • Data delivery date

    Jun 12, 2019

Finance

  • Total approved costs

    4,284 thou. CZK

  • Public financial support

    3,921 thou. CZK

  • Other public sources

    361 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK