Structure and dynamics of DNA. Advanced computational studies.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P208-11-1822
Alternative language
Project name in Czech
Struktura a dynamika DNA. Pokročilé počítačové studie.
Annotation in Czech
Tento projekt bude zaměřen na studium důležitých vlastností molekul DNA, s použitím nejmodernějších teoretických (počítačových) přístupů: pokročilých kvantově chemických (QM) výpočtů a simulací molekulové dynamiky (MD) v explicitním solventu. Studovaná problematika bude zahrnovat: detailní QM charakterizaci signatur stacking interakcí všech deseti jedinečných dvojic párů bází B-DNA, s použitím konformačního prohledávání, experimentálních geometrií a geometrií získaných se simulací, s cílem porozumět vztahu mezi stackingem bází a lokálními konformačními variacemi v B-DNA. Tyto výpočty budou doplněny mikrosekundovými simulacemi specifických oligomerů B-DNA, jako jsou A-trakty. Projekt se dále bude zabývat predikcí intermediátů při formování čtyřřetězcových molekul DNA (G-DNA a i-DNA) s použitím simulací MD a výpočtů volné energie; kompletní QM analýzou konformačního prostoru cukr-fosfátové páteře DNA; MD analýzou strukturní dynamiky a sekvenční závislosti four-way junctions DNA. Kromě podstatného rozšíření našich základních znalostí o strukturní dynamice DNA bude projekt zahrnovat i vývoj metodiky, například vylepšení parametrů pro popis páteře DNA v empirických silových polích.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Systematic work of the PI in the studies of nucleic acids and a wide network of cooperation leads to significant advances in the modeling of NA. Number of results (35 articles + book chapter) is extraordinary and the number of citations to these outputs unique. Even after necessary correction due to multiple dedications to CSF projects and others, this project must be evaluated as excellent.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
4,129 thou. CZK
Public financial support
4,129 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK