Structure and dynamics of DNA
Project goals
The aim of the project is to understand structural flexibility of the DNA molecule and its internal dynamics by combining ab initio quantum chemical calculations, vibrational dynamics, and analyses of the crystallographic structural databases. Structureand dynamics of the DNA bases, and their hydrogen bonded and stacked pairs will be characterized by ab initio calculations. The obtained characteristics will be used to rationalize the internal dynamics of the bases so that we sill able to explain the observed conformational variability of the DNA molecule. These characteristics will be also used for testing and/or reparametrization of empirical potentials. The DNA backbone structural variability will be studied by a systematic analysis of the structural databases and by ab initio calculations, and results will be correlated to the DNA conformations experimentally observed in DNA - protein complexes.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Contest type
—
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Struktura a dynamika DNA
Annotation in Czech
Strukturní flexibilita a vnitřní dynamika molekuly DNA bude studována pomocí ab initio kvantověchemických výpočtů, vibrační dynamiky a analýzy krystalových databázových struktur. Strukturní a dynamické charakteristiky bází DNA a jejich párů s vodíkovou vazbou, jakož i patrových párů, budou určeny pomocí ab initio výpočtů. Získané charakteristiky budou použity při racionalizaci vnitřní dynamiky párů a povedou k interpretaci konformační variability DNA. Strukturní variabilita páteře DNA bude studována pomocí systematické analýzy krystalových databází a ab initio výpočtů a výsledky budou korelovány s konformacemi DNA pozorovanými v komplexech DNA - bílkovina.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Hodnocený projekt se zabýval nesmírně důležitou tématikou interakce bází nukleových kyselin s ionty kovů. Projekt byl připraven i vyřešen vynikajícím způsobem. Autoři dosáhli zásadních výsledků, které publikovali v renomovaných časopisech (celkem 31 člán
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1997
Realization period - end
Jan 1, 1999
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2000/GA0/GA00GA/U/6:2
Data delivery date
—
Finance
Total approved costs
3,941 thou. CZK
Public financial support
2,018 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
3 941 CZK thou.
Public support
2 018 CZK thou.
51%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Solution period
01. 01. 1997 - 01. 01. 1999