Theoretical study of potential and free energy surfaces of DNA base pairs in vacuum and in water phase by means of molecular dynamics simulations
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Teoretické studium povrchů potenciální a volné energie párů bazí nukleových kyselin ve vakuu a vodní fázi metodami molekulární dynamiky
Annotation in Czech
Jedním z hlavních výsledků nosného projektu je důkladná znalost povrchu potenciální energie a vibrační dynamiky párů bazí nukleových kyselin na ab initio úrovni. Tato znalost přestavuje velmi důležitou informaci jež je základem porozumění struktuře DNA.Ab initio metody však z principiálních důvodů nemohou dát odpověď na všechny otázky: nemohou poskytovat strukturní informace o větších molekulách něž je několik párů bazí a možnosti jejich použití k výpočtům statistických a termodynamických vlastností (povrchy volných energií) jsou velmi omezené. K výpočtům těchto charakteristik lze naopak s úspěchem použít metod molekulové dynamiky. V rámci navrhovaného dílčího projektu chceme využít znalosti ab initio povrchů potenciální energie ke zpřesnění silovýcpolí používaných v molekulové dynamice DNA. Získané přesnější silové pole bude pak použito k výpočtům povrchů konformačních volných energií ve vakuu i ve vodě a tudíž i k přesnějším předpovědím struktury větších částí DNA. Povrchy volné energie budou poč
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
CH - Nuclear and quantum chemistry, photo chemistry
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10402 - Inorganic and nuclear chemistry<br>10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Projekt přispěl k úspěšnému řešení nosného grantu garanta. Závěrečná karta obsahuje objektivní údaje o řešení projektu i o výsledcích. Výsledky byly publikovány v renomovaných časopisech (3 publikace) a na konferencích (4 prezentace). V současné době je
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1999
Realization period - end
Jan 1, 2001
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3
Data delivery date
Apr 1, 2003
Finance
Total approved costs
710 thou. CZK
Public financial support
643 thou. CZK
Other public sources
547 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK