Influence of the Enviroment on the Stability and Geometry of DNA Building Blocks
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 3 (SAV02005-J)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB400550518
Alternative language
Project name in Czech
Vliv okolního prostředí (solvatace a hydratace) na stabilitu a geometrii komponent DNA
Annotation in Czech
Struktura a dynamika DNA je závislá na celé řadě interakcí. Kromě vodíkových vazeb a patrových interakcí má na stabilitu DNA vliv i přítomnost vody a iontů. Struktura komplexů bází a párů bází (zahrnující nejen kanonické formy bází ale i ostatní tautomery) s vodou a ionty bude studována moderními teoretickými technikami - jak molekulovou dynamikou a mechanikou , tak na ab initio úrovni se zahrnutím korelační energie a s využitím velkých bází atomových orbitalů . Použití uvedených ab initio technik je nezbytné pro přesný popis všech složek interakční energie popisující stabilitu uvedených komplexů. Po podrobném prozkoumání povrchů potenciální a volné energie komplexů na empirické úrovni budou pro nejstabilnější a nejvíce populované struktury spočteny přesné hodnoty interakčních energií na ab initio úrovni. Pro tyto struktury budou rovněž vypočtena IR spektra, která budou porovnána s dostupnými experimenty.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Water influences the tautomeric equilibrium of nucleic acid bases. Few water molecules lead to preference of stacked structures over H-bonded ones for the nucleic acid base pairs. The H-bonded structures are more stable in vacuum and nonpolar solvents.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 1, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 27, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-AV0-KJ-U/02:2
Data delivery date
Apr 3, 2009
Finance
Total approved costs
785 thou. CZK
Public financial support
785 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK