Hydration and solvation of building blocks of biopolymers
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 8 (SAV02008-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA400550808
Alternative language
Project name in Czech
Hydratace a solvatace stavebních jednotek biopolymerů
Annotation in Czech
Struktura biomolekul je závislá na celé řadě interakcí. Z nekovalentních interakcí kromě vodíkových vazeb a patrových sil má na stabilitu biopolymerů vliv okolní prostředí, v kterém se tyto molekuly nacházejí. Konformace a stabilita aminokyselin a složeknukleových kyselin v přítomnosti vody a iontů bude studována jak metodami molekulové dynamiky a mechaniky, tak predevším na ab initio úrovni metodami, které korektně popisují všechny složky interakční energie uvedených komplexů. Po podrobném prozkoumánípovrchů potenciální a volné energie komplexů s použitím časově méně náročných metod budou pro nejstabilnější struktury spočteny přesné hodnoty interakčních energií na kvalitativně vyšší úrovni. Pro tyto struktury budou rovněž vypočtena IR spektra, kterábudou použita pro interpretaci experimentálních dat.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Aims of the project were accomplished. Influence of solvent on tautomeric equilibrium of base pairs was clarified, method for assignment of vibration frequencies was developed and interactions of DNA chips with surface and fluorescent dyes were modeled.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2008
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 29, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-AV0-IA-U/02:2
Data delivery date
Feb 12, 2014
Finance
Total approved costs
2,022 thou. CZK
Public financial support
2,022 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK