Structure, dynamics and function of DNA
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)
Main participants
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Struktura, dynamika a funkce DNA
Annotation in Czech
Cílem projektu je studovat strukturu, flexibilitu, dynamiku a funkci nukleových kyselin na úrovni atomového rozlišení pomocí nejmodernějších metod počítačové chemie. Ab initio kvantově chemické metody budou použity k přesné charakterizaci důležitých molekulárních interakcí, jako jsou interakce malých fragmentů DNA s kovovými ionty a interkalátory. Ab initio výpočty budou sloužit k parametrizaci empirických potenciálů a k určení mezi jejich platnosti. Molekulová dynamika hydratované DNA bude použita ke studiu několika významných problémů: (i) Struktura, dynamika a topologie neobvyklých architektur DNA, jako jsou I-DNA a G-DNA, (ii) vliv sekvencí bází a modifikovaných bází na strukturu dvoušroubovice DNA, (iii) interakce DNA s interkalátory a dalšímimalými molekulami. Navíc, flexibilita velmi dlouhých úseků DNA (stovky párů bází) bude studována metodou brownovské dynamiky, elastické parametry DNA budou získány z molekulové dynamiky oligonukleotidů. Všechny uvedené problémy budou studovány v úzké
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
CH - Nuclear and quantum chemistry, photo chemistry
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10402 - Inorganic and nuclear chemistry<br>10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Odborný přínos projektu je nepochybný. Velmi vysoká publikační aktivita v prestižních mezinárodních časopisech. Hospodaření s finančními prostředky bylo po celou dobu trvání projektu v souladu s pravidly, až na přesun "cestovné" do "provozních nákladů" v
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2000
Realization period - end
Jan 1, 2002
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2003/GA0/GA03GA/U/N/9:7
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
2,624 thou. CZK
Public financial support
1,260 thou. CZK
Other public sources
2,359 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK