Investigation of non-canonical function(s) of the UPF1 helicase
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-18578S
Alternative language
Project name in Czech
Funkce UPF1 helikázy v procesech odehrávajících se v buněčném jádře
Annotation in Czech
Nesmyslné mRNA jsou v buňkách degradovány speciálním mechanizmem, kterému se říká “nonsense mediated RNA decay (NMD)”. Zatímco biochemický mechanizmus NMD byl podrobně studován, biologické funkce zúčastněných proteinů nejsou plně pochopeny. Tyto proteiny se zřejmě podílí i na dalších buněčných procesech mimo NMD, ale tyto neortodoxní funkce jsou jenom málo prozkoumány. To je dáno tím, že inaktivace těchto proteinů je většinou letální. V tomto projektu budeme studovat neortodoxní funkce UPF1, RNA helikázy nezbytné pro NMD. Podařilo se nám získat žijící mutanty u modelové rostliny Arabidopsis thaliana, které mají UPF1 inaktivní. U těchto rostlin budeme zkoumat, jaký účinek má ztráta UPF1 na strukturu chromatinu, aktivaci transpozonů, funkci telomer, stability genomu a buněčný cyklus. Také určíme, zda se UPF1 nachází na chromatinu a jaký význam má ATPázová a helikázová aktivita ve výše zmíněných procesech. Díky vysoké homologii rostlinných a lidských UPF1 proteinů se dá předpokládat, že výsledky našeho výzkumu budou aplikovatelné i na jiné organizmy včetně člověka.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project investigated new biological aspects of mRNA degradation with the particular focus on the non-canonical functions of the UPF1 RNA helicase. The project was carried out in accordance with the rules of the GACR, all declared goals were met and the major results of the project were published as 4 original papers in high-quality impact journals, including the prestigious Plant Cell.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 11, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 16, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Apr 12, 2021
Finance
Total approved costs
7,366 thou. CZK
Public financial support
7,366 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK