Mass Spectrometric 3D Structure Analysis of DNA Response Elements / Transcription Factor Association and Modeling
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-24309S
Alternative language
Project name in Czech
Strukturní analýza interakce transkripčních faktorů s promotorovými sekvencemi
Annotation in Czech
Strukturní analýzu in vivo interakcí heterogeních biomolekulárních komplexů brzdí nedostatek vhodných a vysoce výkonných metod s dostatečnou rozlišovací schopností. Na hmotnostní spektrometrii (MS) založená 2D proteomická analýza interaktomu v současnosti představuje zlatý standard pro cílenou identifikaci nových léčiv. Metody strukturní biologie využívající hmotnostní spektrometrii (MS3D) s podporou molekulárně dynamického modelováním (MD) jsou plně komplementární se stávajícími strukturními metodami s vysokým rozlišením, pracujících za nenativních podmínek. Cílem projektu je vývoj MS3D metody vhodné ke studiu interakčního páru transkripční faktor-promotorová sekvence na modelech in vitro a in vivo. Informace o struktuře a interakčních partnerech biolmolekul, které budou získány technikami s nízkým prostorovým rozlišením, budou sloužit jako vstupní údaj pro tvorbu modelů komplexů pomocí MD. Výstupem projektu budou nové MS3D metody, které budou fungovat za nativních podmínek a budou tvořit nový standard pro analýzu biomolekulárních komplexů s potenciálem sofistikované přípravy léčiv.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
This project deals with the development and implementation of advanced proteomic methodologies using the cutting edge mass spectrometric instrumentation. The project involves the cooperation with leading US group including the student exchanges and the development of new type of ion source. Results were published in 7 papers, mostly in high-impact journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Jul 22, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 26, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Apr 12, 2021
Finance
Total approved costs
4,554 thou. CZK
Public financial support
4,554 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK