Unveiling life strategies of uncultivated viruses in freshwater environments using metagenomics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-04828S
Alternative language
Project name in Czech
Objasnění životních strategií sladkovodních virů pomoci metagenomiky
Annotation in Czech
Viry jsou nejhojnější biologické entity na planetě, nejméně o jeden řád početnější než jejich mikrobiální hostitelé ve vodním prostředí. Přes jejich hojnost zůstává studium virů pomocí kultivace s izolovanými mikroorganismy výzvou, a to vzhledem ke složitosti získávání axenických kultur významných mikrobiálních skupin. Tato situace je ještě zajímavější ve sladkých vodách, kde je dostupnost těchto axenických kultur stále poměrně omezená. Navrhujeme dlouhodobý metagenomický přístup založený na dvou dobře prozkoumaných sladkovodních nádržích. Cílem je umožnit prvotní pohled na významné bakteriofágy s dvouřetězcovou DNA ve sladkých vodách. Chceme propojit tyto fágy, které zatím nemáme v kultivacích, s jejich hostitelem, a to jak pomocí stávajících přístupů založených na sekvencích, tak pomocí nových metod, které sami vyvineme. Především se zaměříme na životní strategie volně žijících virů a jejich vývoj při soužití s hostitelskými mikroby. Kromě toho očekáváme nové poznatky o faktorech, které ovlivňují sezónní dynamiku a globální biogeografii fágů a hostitelských populací.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EH - Ecology - communities
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
DA - Hydrology and limnology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10501 - Hydrology<br>10502 - Oceanography<br>10503 - Water resources<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10617 - Marine biology, freshwater biology, limnology<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Project allowed unprecedented insights into prokaryotic and viral communities in water bodies, with the results published in some of the most prestigious scientific journals. It is excelent project, smartly managed, networked internationally, and involving students, and with great outputs.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 4, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
Jul 23, 2020
Finance
Total approved costs
10,041 thou. CZK
Public financial support
9,975 thou. CZK
Other public sources
66 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK