Phage host hunt: finding hosts for freshwater phages
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-06806S
Alternative language
Project name in Czech
Hon na hostitele bakteriofágů: nalézání hostitelů pro sladkovodní fágy
Annotation in Czech
Fágy (viry infikující bakterie) lze nalézt ve všech ekosystémech, kde ovlivňují mikrobiální společenstva regulací hostitelských populací a uvolňováním živin skrze hostitelovu lyzi. Metagenomika odhalila obrovskou rozmanitost fágů, často však selhala v identifikaci jejich hostitelů. Ve sladkovodním prostředí je to zapříčiněno zejména chybějícími referenčními zástupci. V nedávné době jsme dosáhli výrazného pokroku v izolaci hojně zastoupených (avšak obtížně kultivovatelných) sladkovodních bakterií (např. Fonsibacter, Methylopumilus) a vytvořili jsme jejich rozsáhlou sbírku. V projektu navrhujeme využití těchto kmenů k izolaci nových fágů pomocí zavedeného vysoce-účinného izolačního protokolu a k identifikaci bona-fide párů fág-hostitel. Dále budeme studovat hostitelský rozsah izolovaných fágů, jejich výskyt a dynamiku v přirozeném prostředí. Nakonec identifikujeme profágy v genomech izolovaných bakterií, a s využitím dlouhých čtecích rámců i u bakterií v přirozeném prostředí. Navrhovaný projekt tedy podstatným způsobem doplní chybějící znalosti o ekologii sladkovodních virů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 24, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
9,186 thou. CZK
Public financial support
9,186 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK