Construction of a model of regulatory network controlled by sigma factors of RNA polymerase in Corynebacterium glutamicum
Project goals
Bacterial RNA polymerase holoenzyme consists of a core enzyme and a dissociable sigma subunit that is responsible for recognition of specific promoter sequences. Corynebacterium glutamicum genome encodes the primary sigma factor SigA and 6 alternative sigma factors, which are involved mainly in transcription of stress response genes. The project is focused on elucidating the roles of sigma factors in expression of C. glutamicum genes, designing the structure and studying functions of sigma factor regulatory network. To analyze regulons controlled by particular sigma factors (sigmulons), both genome-scale techniques and single gene and promoter analyses will be used. To achieve complex results, in vivo, in vitro and in silico methods will be combined. The main tasks of the project are to discover distinct and overlapping regulons controlled by specific sigma factors, assign sigma factors to particular promoters and define the consensus sequences of the promoters of different classes. All gained results will be integrated in a model of sigma factor regulatory network in C. glutamicum.
Keywords
Corynebacteriumregulatory networksigma factorsRNA polymerase
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-06991S
Alternative language
Project name in Czech
Konstrukce modelu regulační sítě řízené sigma faktory RNA polymerasy v Corynebacterium glutamicum
Annotation in Czech
Bakteriální holoenzym RNA polymerasa se skládá z jádra enzymu a disociovatelné sigma podjednotky, která je zodpovědná za rozpoznání specifických sekvencí promotorů. Genom bakterie Corynebacterium glutamicum kóduje primární sigma faktor SigA a 6 alternativních sigma faktorů, které se účastní zejména transkripce genů stresové odpovědi. Projekt je zaměřen na objasnění rolí sigma faktorů v expresi genů C. glutamicum a na navržení struktury a zkoumání funkcí regulační sítě řízené sigma faktory. K analýze regulonů řízených specifickými sigma faktory (sigmulonů) budou použity metody jak na úrovni genomu, tak detailní analýzy jednotlivých genů a jejich promotorů. Pro dosažení komplexních výsledků budou kombinovány metody in vivo, in vitro a in silico. Hlavními úkoly projektu bude definovat oddělené i překrývající se regulony řízené sigma faktory, přiřadit sigma faktory jednotlivým promotorům a stanovit konsensus sekvence různých typů promotorů. Všechny získané poznatky budou integrovány v návrhu modelu regulační sítě C. glutamicum řízené sigma faktory RNA polymerasy.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
—
Latest support payment
Apr 10, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
5,013 thou. CZK
Public financial support
4,932 thou. CZK
Other public sources
81 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
5 013 CZK thou.
Public support
4 932 CZK thou.
98%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EE - Microbiology, virology
Solution period
01. 01. 2017 - 31. 12. 2021