Construction of a model of regulatory network controlled by sigma factors of RNA polymerase in Corynebacterium glutamicum
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-06991S
Alternative language
Project name in Czech
Konstrukce modelu regulační sítě řízené sigma faktory RNA polymerasy v Corynebacterium glutamicum
Annotation in Czech
Bakteriální holoenzym RNA polymerasa se skládá z jádra enzymu a disociovatelné sigma podjednotky, která je zodpovědná za rozpoznání specifických sekvencí promotorů. Genom bakterie Corynebacterium glutamicum kóduje primární sigma faktor SigA a 6 alternativních sigma faktorů, které se účastní zejména transkripce genů stresové odpovědi. Projekt je zaměřen na objasnění rolí sigma faktorů v expresi genů C. glutamicum a na navržení struktury a zkoumání funkcí regulační sítě řízené sigma faktory. K analýze regulonů řízených specifickými sigma faktory (sigmulonů) budou použity metody jak na úrovni genomu, tak detailní analýzy jednotlivých genů a jejich promotorů. Pro dosažení komplexních výsledků budou kombinovány metody in vivo, in vitro a in silico. Hlavními úkoly projektu bude definovat oddělené i překrývající se regulony řízené sigma faktory, přiřadit sigma faktory jednotlivým promotorům a stanovit konsensus sekvence různých typů promotorů. Všechny získané poznatky budou integrovány v návrhu modelu regulační sítě C. glutamicum řízené sigma faktory RNA polymerasy.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
—
Latest support payment
Apr 10, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
5,013 thou. CZK
Public financial support
4,932 thou. CZK
Other public sources
81 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK