Missing links: genome evolution in the tribe Camelineae (Brassicaceae)
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-13029S
Alternative language
Project name in Czech
Chybějící souvislosti: evoluce genomu v tribu Camelineae (brukvovité)
Annotation in Czech
Tribus Camelineae (CAMEL; 32 druhů, 8 rodů), obsahující modelový rod Arabidopsis, je z vědeckého hlediska nejdůležitější skupinou brukvovitých (Brassicaceae). Vedle několika modelových druhů, tento tribus také zahrnuje významné plevelné druhy a sekvenovaný genom lničky seté (Camelina sativa; aktraktivní zdroj biopaliv). Navzdory své potenciální důležitosti, genomy několika druhů tribu CAMEL zůstávají neprozkoumané nebo jsou zcela neznámé. O vzniku a evoluci těchto přehlížených genomů existuje překvapivě málo informací. Cílem našeho projektu je charakterizovat chybějící souvislosti mezi dobře známými i neznámými CAMEL genomy prostřednictvím rekonstrukce evoluce genomu v tribu CAMEL i blízce příbuzných tribech. S použitím srovnávacích cytogenomických a fylogenetických přístupů plánujeme (re)konstruovat srovnávací cytogenomické mapy a ancestrální genomy, identifikovat mechanismy genomových přestaveb, a rekonstruovat fylogenetickou strukturu a postavení tribu CAMEL. Naše výsledky by měly inciovat translační výzkum, etablování nových modelových druhů a celogenomové sekvenační projekty.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EF - Botany
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
This is an excellent project. The results were published in five publications, including three top-ranking journals. The Plant Cell paper, describing the genome architecture of a commercially important crop Camelina sativa, was highlighted by an editor and further attracted the Czech Press.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 10, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
Jul 23, 2020
Finance
Total approved costs
5,441 thou. CZK
Public financial support
5,441 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK