Genome evolution and spatiotemporal diversity of the Arabideae
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-18545S
Alternative language
Project name in Czech
Evoluce genomu a časoprostorová diversita v tribu Arabideae
Annotation in Czech
Tribus Arabideae s více než 487 druhy je největším tribem čeledi Brassicaceae; mnohé druhy rodu Arabis a Draba jsou široce rozšířené a některé jsou pěstovány jako okrasné rostliny. Diversifikace do několika linií s rozdílnou fylogeografickou minulostí činí z tribu Arabideae skvělý systém pro analýzu evoluce genomu rostlin. V navrhovaném projektu budeme rekonstruovat evoluci genomu metodami srovnávací cytogenomiky a epigenetiky, a také pomocí sekvenování nové generace. U zástupců hlavních fylogenetických linií etablujeme strukturu současných i ancestrálních genomů a porovnáme je s diversitou DNA repetic. Zjištěné vzprce genomové organizace a variabilita analyzovaných repetic budou porovnány s několika intrinsickými a extrinsickými faktory. Rozsah a rychlost genomových změn bude konfrontována s fylogenetickým postavením, způsobem reprodukce (samo- vs. cizosprašnost), žvotní formou (jednoletky vs. trvalky), nadmořskou výškou (nižinné vs. horské druhy) a geografickým původem. Poprvé budou získány údaje o mechanismu a dynamice chromosomové reorganizace pro celý tribus cévnatých rostlin.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EF - Botany
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The main goals of the project were fulfilled. Genome evolution of the tribe Arabideae was reconstructed using comparative cytogenomic analyses. Interestingly, centromere repositiioning was revealed as the prevailing mechanism of chromosome repatterning in Arabideae taxa. A total of three high-quality manuscripts were prepared, but none of them has been accepted for publication so far.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Nov 29, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2020
Finance
Total approved costs
5,696 thou. CZK
Public financial support
5,696 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK