The unknown New World: genomes of North American Arabideae species
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
SMSM2022LU001
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-1942/2023-2
Alternative language
Project name in Czech
Neznámý Nový svět: genomy severoamerických druhů tribu Arabideae
Annotation in Czech
Cílem projektu je prozkoumat strukturu genomu a způsob vzniku 20 až 30 druhů tribu Arabideae (např. huseníky, chudiny, tařičky) z čeledi brukvovitých (Brassicaceae) endemicky se vyskytující v severní Americe. Tribus Arabideae je druhově nejbohatší skupinou brukvovitých rostlin, zahrnující 15 rodů a téměř 500 druhů. Rovněž druhová diversita tribu Arabideae v severní Americe je značná – čtyři rody zahrnují přibližně 140 druhů, jejichž většina (~120) patří k rodu chudina (Draba). V rámci všech brukvovitých rostlin (~4 000 druhů) se eurasijské druhy tribu Arabideae vyznačují pozoruhodnou dynamikou evoluce chromosomů díky mobilitě centromer (Willing et al., 2015; Mandáková et al., 2020; Nowak et al., 2021). Znamená to, že zatímco tyto genomy mají povětšinou stabilní počet chromosomů (2n = 2x, 4x = 16, 32), pozice centromery na chromosomech se může měnit a ovlivňovat tak například rekombinaci nebo epigenetickou strukturu chromatinu, a tím pravděpodobně také přispívat k mezidruhové reprodukční izolaci a speciaci. Dalším pravděpodobně významným speciačním faktorem, a to zejména v rodu Draba, je mezidruhová hybridizace, vznik allopolyploidních druhů a následná diploidizace genomu. Zatímco eurasijské druhy tribu Arabideae jsou chromosomálně uniformní (2n = 2x, 4x = 16, 32), většina severoamerických taxonů má dysploidní počty chromozomů, tvořící téměř kontinuální řadu chromosomových počtů mezi diploidy a tetraploidy (tj. 2n = 18, 20, 22, 24, 26 a 30), a mezi tetraploidy a oktoploidy (2n = 36, 40, 44, 52, 54 a 56) (Windham, 2000; 2003). Ačkoliv je možno se domnívat, že tyto chromosomové počty jsou výsledkem hybridizací mezi diploidizovanými polyploidními genomy, tato hypotéza nebyla nikdy testována. Z hlediska evolučně genomického jsou severoamerické taxony tribu Arabideae zcela neprozkoumanou skupinou. Naše pionýrská studie odhalující neobvyklou mobilitu centromer v tribu Arabideae byla zaměřena pouze na několik eurasijských druhů ( Mandáková et al., 2020).
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EF - Botany
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Feb 7, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MSM-LU-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
7,501 thou. CZK
Public financial support
7,501 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK