Mechanical properties of RNA and DNA structural building blocks

Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemické technologie
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-14683S

Project name in Czech
Mechanické vlastnosti strukturních prvků RNA a DNA
Annotation in Czech
Biologické i uměle připravené struktury RNA a DNA se skládají z opakujících se stavebních prvků. Projekt se zaměřuje na výzkum mechanických vlastností těchto prvků užitím teoretických metod a počítačových simulací. Z rozsáhlých simulací molekulové dynamiky v atomovém rozlišení budou pomocí metod statistické mechaniky získány parametry mezoskopických modelů na různých škálách (úroveň tuhých bazí a párů bazí, globální popis). Pozornost bude věnována vývoji vícerozměrné metody vnucených deformací. Budeme zkoumat vliv methylace cytosinu na mechaniku DNA a studovat vlastnosti DNA se strukturním poškozením. V oboru RNA se zaměříme na významné stavební prvky, jako jsou kink-turn a kissing loop motivy. Plánujeme rovněž studovat jednotlivé stavy rozsáhlé nanostruktury DNA, aktuátoru. Výzkum bude probíhat ve spolupráci s experimentálními pracovišti. Výsledky osvětlí mechanické vlastnosti prvků DNA a RNA důležitých v biologii a biofyzice i pro návrh a optimalizaci RNA a DNA nanostruktur.

R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10610 - Biophysics

Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Data delivery date
Feb 22, 2021

Similar projects(10)