The role of transposable elements in the dynamics of plant genomes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 22 (SGA0201800001)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-00258S
Alternative language
Project name in Czech
Úloha transposonů v dynamice rostlinných genomů
Annotation in Czech
Přestože transposony představují významnou část rostlinných genomů, jejich evoluční dynamika a vliv na fungování buňky začínají být teprve chápány. V rámci navrhovaného projektu budeme pomocí bioinformatických nástrojů i experimentů studovat různé aspekty života transposonů v rostlinných genomech – jejich věk, strukturní rysy, vliv na rekombinaci a velikost genomů. Uvnitř transposonů budeme podrobně hledat motivy (jako je satelitní DNA, microRNA, extraORF, kvadruplexy), které by mohly regulovat jejich expanzi. Provedeme experimenty testující vliv kvadruplexové DNA na expresi transposonů, což otestujeme nejprve v kvasinkách a poté v rostlinném systému. Mimoto do LTR retrotransposonů uměle vložíme satelitní DNA a budeme sledovat, zda ji retrotransposony mohou šířit po genomu. Výsledky přispějí k pochopení struktury, funkce a evoluce transposonů; porozumění jejich regulaci navíc poskytne možnost tvorby variability, což může najít uplatnění ve šlechtění.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
10611 - Plant sciences, botany
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EF - Botany
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Mar 25, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 22, 2022
Finance
Total approved costs
8,731 thou. CZK
Public financial support
7,844 thou. CZK
Other public sources
905 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK