Mapping protein surface accessible area utilizing top-down mass spectrometry and reactive radical footprinting
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-16084S
Alternative language
Project name in Czech
Mapování přístupnosti proteinového povrchu kombinací hmotnostní spektrometrie a radikálového značení
Annotation in Czech
Strukturní proteomika se stává vysoce progresivní technikou moderní strukturní biologie. Pokrývá široký rozsah analytických metod od vodík-deuteriové výměny až po chemické zesítění. Ačkoliv potenciál i limity obou technik jsou známy, možnosti kovalentního značení jsou studovány velmi okrajově. Zatímco vodík/deuteriová výměna nabízí informace o přístupnosti proteinové páteře, kovalentní značení se zaměřuje na postranní řetězce aminokyselin a poskytuje tak komplementární strukturní informaci. Návrh projektu počítá s vývojem chemických činidel s dosud nepopsanou reaktivitou, která umožní modifikaci většího množství aminokyselinových zbytků. Bude tak dosaženo lepšího prostorového rozlišení metody. Rovněž budeme studovat možnosti značení hydroxylovými radikály, kde se hlavně zaměříme na vývoj metody hmotnostní spektrometrie top-down, která umožňuje identifikovat nejen místo modifikace, ale také odhalit reaktivitu jednotlivých modifikovaných zbytků. Získané výsledky značně usnadní charakterizaci struktury proteinů a poskytnou cenné informace pro modelování struktury proteinů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10406 - Analytical chemistry
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CB - Analytical chemistry, separation
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
All objectives of the project were fulfilled: new methods for the study of protein structure were developed. The outputs of the project include 8 papers published in impacted scientific journals including top-ranked journals JACS and Analytical Chemistry.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 12, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GA-U
Data delivery date
Jun 29, 2022
Finance
Total approved costs
5,590 thou. CZK
Public financial support
5,590 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK