All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Mapping protein surface accessible area utilizing top-down mass spectrometry and reactive radical footprinting

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    Standardní projekty 23 (SGA0201900001)

  • Main participants

    Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    19-16084S

Alternative language

  • Project name in Czech

    Mapování přístupnosti proteinového povrchu kombinací hmotnostní spektrometrie a radikálového značení

  • Annotation in Czech

    Strukturní proteomika se stává vysoce progresivní technikou moderní strukturní biologie. Pokrývá široký rozsah analytických metod od vodík-deuteriové výměny až po chemické zesítění. Ačkoliv potenciál i limity obou technik jsou známy, možnosti kovalentního značení jsou studovány velmi okrajově. Zatímco vodík/deuteriová výměna nabízí informace o přístupnosti proteinové páteře, kovalentní značení se zaměřuje na postranní řetězce aminokyselin a poskytuje tak komplementární strukturní informaci. Návrh projektu počítá s vývojem chemických činidel s dosud nepopsanou reaktivitou, která umožní modifikaci většího množství aminokyselinových zbytků. Bude tak dosaženo lepšího prostorového rozlišení metody. Rovněž budeme studovat možnosti značení hydroxylovými radikály, kde se hlavně zaměříme na vývoj metody hmotnostní spektrometrie top-down, která umožňuje identifikovat nejen místo modifikace, ale také odhalit reaktivitu jednotlivých modifikovaných zbytků. Získané výsledky značně usnadní charakterizaci struktury proteinů a poskytnou cenné informace pro modelování struktury proteinů.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • OECD FORD - main branch

    10406 - Analytical chemistry

  • OECD FORD - secondary branch

  • OECD FORD - another secondary branch

  • CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    CB - Analytical chemistry, separation

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    All objectives of the project were fulfilled: new methods for the study of protein structure were developed. The outputs of the project include 8 papers published in impacted scientific journals including top-ranked journals JACS and Analytical Chemistry.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2019

  • Realization period - end

    Dec 31, 2021

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    May 12, 2021

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP22-GA0-GA-U

  • Data delivery date

    Jun 29, 2022

Finance

  • Total approved costs

    5,590 thou. CZK

  • Public financial support

    5,590 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK