Mapping Accessible Surface Area of Soluble and Membrane Proteins by Employing Reactive Probes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202500001
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
25-18181S
Alternative language
Project name in Czech
Mapování dostupnosti povrchových oblastí solubilních a membránových proteinů pomocí reaktivních sond
Annotation in Czech
Strukturální proteomika je nově vznikajícím směrem ve strukturní biologii. Pokrývá velmi širokou škálu analytických metod od vodík/deuteriové výměny (HDX) přes kovalentní značení až po chemické zesíťování. Na rozdíl od HDX se kovalentní značení zaměřuje na postranní řetězce aminokyselin v proteinové sekvenci, takže poskytuje komplementární strukturní informaci. Původní přístup značení se opírá o modifikaci vybraných aminokyselin, zatímco rychlá fotochemická oxidace proteinů (FPOP) se zaměřuje téměř na všechny postranní řetězce. Nedávno vyvinutá technika značení fluoralkylovými radikály využívá pro strukturní charakterizaci proteinů aromatické aminokyseliny. Další technikou založenou na sledování přístupnosti k rozpouštědlu, která je v současné době testována pro strukturní studie, je založena na oxidaci singletovým kyslíkem. Protože jak fluoralkylový radikál, tak singletový kyslík jsou relativně nepolární chemické sondy, stojí za to prozkoumat jejich potenciál pro značení rozpustných a embránových proteinů a tak studovat jejich konformačni změny v kombinaci s FPOP.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10406 - Analytical chemistry
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
10609 - Biochemical research methods
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CB - Analytical chemistry, separation<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2025
Realization period - end
Dec 31, 2027
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 5, 2025
Finance
Total approved costs
6,606 thou. CZK
Public financial support
6,606 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK