Correction of molecular mechanics potentials of drug-like molecules by property map
Project goals
Molecular dynamics simulation shows a great potential in drug design and other applied fields. However, routine application of this method is hampered by its high computational cost and by low accuracy of molecular mechanics potentials, especially for general drug-like molecules. In order to improve its accuracy, we propose an approach inspired by our results from development of new simulation techniques. This approach comprises selection of reference conformations of the studied molecule, high-level calculation of its energy and correction of the molecular mechanics potential using the set of reference conformations. The whole procedure can be automatized in order to obtain corrected molecular mechanics potentials for a high number of molecules.
Keywords
molecular mechanicsforce fieldligand designmolecular dynamics simulationmetadynamics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-16857S
Alternative language
Project name in Czech
Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map
Annotation in Czech
Simulace molekulové dynamiky má značné možnosti uplatnění při vývoji léčiv a v dalších aplikovaných oborech. Komplikací pro rutinní využívání této metody je její výpočetní náročnost a nedostatečná přesnost molekulárně mechanických potenciálů, zvláště pak pro obecné organické molekuly, mezi nimiž jsou hledána nová léčiva. Pro zpřesnění těchto potenciálů navrhujeme přístup, který je inspirován výsledky, které jsme získali při vývoji nových simulačních technik. Přístup zahrnuje výběr referenčních konformací molekuly, přesný výpočet jejich energií a korekci molekulárně mechanického potenciálu s použitím těchto referenčních konformací. Celý postup je možné automatizovat a tak získat zpřesněné molekulárně mechanické potenciály pro velký počet molekul.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The goals of the project were successfully achieved with 5 impacted publications and 2 proceeding contributions. The articles were published in specialized journals with a limited importance for other fields. The relatively large number of students involved in the project is evaluated positively. The financial costs were spent within the rules. The project is rated as "accomplished".
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 12, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GA-U
Data delivery date
Jun 29, 2022
Finance
Total approved costs
4,519 thou. CZK
Public financial support
4,087 thou. CZK
Other public sources
417 thou. CZK
Non public and foreign sources
15 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 519 CZK thou.
Public support
4 087 CZK thou.
90%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Physical chemistry
Solution period
01. 01. 2019 - 31. 12. 2021