Comparative genomics, transcriptomics, and proteomic of major urinary proteins in house mouse
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-19056S
Alternative language
Project name in Czech
Komparativní genomika, transkriptomika a proteomika hlavních močových proteinů myši domácí
Annotation in Czech
Hlavní močové proteiny (MUP) slouží k transportu a ochraně volatilních ligandů, samy však můžou působit jako olfaktorické signály. Protože se podílí na komplexní informaci o donorovi signálu, mohou hrát významnou roli při divergenci nascentních druhů. Přestože je jim věnována značná pozornost, drtivá většina studií byla zaměřena na „klasický“ inbrední kmen C57, kdežto volně žijící populace domácích myší byly studovány ojediněle. Proto se zaměříme na tyto otázky: Jaká je sekvenční struktura všech Mup genů u kmenů odvozených z divokých populací tří poddruhů (musculus, domestius, castaneus) a 4 nekomenzálních druhů? Jak se na variabilitě mezi nimi podílí proměnlivost počtu genových kopií (CNV)? Které geny jsou exprimovány na úrovni RNA a proteinů u těchto kmenů? Jaký vliv na expresi jednotlivých MUP mají různé typy sociálních kontaktů? K řešení těchto otázek budou použity moderní genomické (sekvenování dlouhých úseků, NGS, identifikace CNV pomocí NGS a ddPCR), transkriptomické (qPCR cDNA a techniky založené na NGS) a proteomické (analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie) metody.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EA - Morphology and cytology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Jun 30, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
6,080 thou. CZK
Public financial support
6,080 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK