Illuminating the ecology of freshwater picocyanobacteria through a genome-resolved taxonomic framework.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-23261S
Alternative language
Project name in Czech
Objasnění ekologie pikoplanktonních sinic pomocí genomové taxonomie.
Annotation in Czech
Ačkoli pikosinice patří mezi jedny z nejdůležitějších hráčů v Globálním Cyklu Uhlíku (zajišťují primární produkci světových oceánů), pochopení jejich ekologie ve sladkovodních ekosystémech je velká neznámá. Domníváme se, že jednou z hlavních překážek bránících objasnění jejich vlivu a důležitosti ve stojatých vodách je to, že postrádáme prostředky potřebné k definování ekologicky relevantních taxonomických jednotek (např. druh a poddruh). Proto jsme se rozhodli překonat tzv. taxonomický bottle neck založený na mikroskopickém popisu rodů a druhů, s tendencí popisovat druhy na základě 16S rRNA genu, a vytvořit robustní kostru založenou na genomických datech. Chystáme se stavět na naší existující sbírce pikosinic, skýtající více než 120 kmenů, a použít nejmodernější metody sekvenování, abychom získali přibližně 100 genomů vysoké kvality. Široké rozpětí genomických dat vázaných na konkrétní kmeny nám také umožní sledovat jednotlivé populace v přírodě (pomocí CARD-FISH prób nebo qPCR) a rozuzlit jejich roli v potravním řetězci.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Jun 30, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
7,125 thou. CZK
Public financial support
7,125 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK