Repeatome evolution in plant allopolyploids: An outcome from the diploid-polyploid complex of the Chenopodium album aggregate
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202000001
Main participants
Česká zemědělská univerzita v Praze / Fakulta životního prostředí
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
20-20286S
Alternative language
Project name in Czech
Evoluce repeatomu rostlinných allopolyploidů: analýza diploidně-polyploidního komplexu Chenopodium album agg.
Annotation in Czech
Vznik allopolyploidních taxonů bývá doprovázen rozsáhlými genomickými přestavbami, vedoucími ke vzniku nových fenotypů. Jeden ze způsobů, jak definovat úlohu určité frakce genomu v evoluci, je promítnout její dynamiku do evoluční historie dobře prostudovaného biologického modelu. V navrhovaném projektu plánujeme využít sekvenovaní nové generace (next generation sequencing, NGS) k mapování variability repetitivní frakce (repeatomu) na fylogenezi diploidně-polyploidního komplexu Chenopodium album. Na příkladu této skupiny budeme testovat dvě alternativní hypotézy evoluce repeatomů u allopolyploidních taxonů se stabilní (aditivní) velikostí genomu. (1) Hypotéza genomické stagnace předpokládá, že repeatomy těchto allopolyploidů vykazují téměř dokonalou aditivitu repeatomů jejich rodičů. (2) Hypotéza genomové přestavby předpokládá, že allopolyploidní genomy podléhají změnám, tudíž jejich repeatomy budou vykazovat výrazné odchylky od očekávané aditivity rodičovských repeatomů. Projekt přinese nové poznatky o evoluci genomů a chromozomů v souvislosti s hybridizací a polyploidizací.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EF - Botany
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 12, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
9,713 thou. CZK
Public financial support
9,713 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK