Bioinformatics and biocomputing: connections, models and applications
Project goals
The project focuses on study of mathematical and computational properties of DNA (or also other organic molecules), with mutual interactions of bioinformatics and biocomputing techniques. Particularly, we propose: to develop further the research of regularity and order in DNA sequences and also other polymer molecules, and to characterize these properties mathematically, to study mathematical description of self-assembly nanostructures composed from (organic) polymer molecules, with possible nanotechnology applications,to study and model mathematical and computational aspects of mutual bonds within and between DNA, RNA and protein molecules; to investigate further related topics, as computational aspects of evolution with a special focus on DNA, or information aspects of cellular processes. Examples of possible applications of the above mentioned theoretical research: An increase of electrophoresis through put applicable in forensic and medical genetics. Modeling of DNA degradation and
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 9 (SGA02006GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
201/06/0567
Alternative language
Project name in Czech
Bioinformatika a biovýpočty: souvislosti, modely a aplikace
Annotation in Czech
Cílem projektu je výzkum matematických a informačních vlastností molekul DNA (příp. i dalších organických molekul), s využitím mezioborové spolupráce bioinformatiky a biovýpočtů. Konkrétně navrhujeme: rozvíjení výzkumu pravidelností a uspořádanosti v sekvencích DNA i jiných polymerujících molekul, a jejich matematickou charakterizaci, studium matematického popisu samosestavujících se struktur složených z (organických) polymerujících molekul, a možné aplikace takových struktur, studium a modelovánímatematických a informačních aspektů vzájemných vazeb mezi molekulami DNA, RNA a případně proteinů,další související okrajová témata, například výpočetní aspekty evoluce se zaměřením na její projevy v DNA, nebo informačních aspekty buněčných procesů. Příkladymožných aplikací výše popsaného teoretického výzkumu: Zvýšení propustnosti elektroforézy s využitím ve forenzní a lékařské genetice. Modelování degradace DNA a amplifikace degradované DNA pomocí PCR, s využitím např. v genotypizaci DNA z
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project was focused on research in the areas of biocomputing, bioinformatics and their contact points. This implied the presence of experts from both these fields in the project team. The biocomputing research was thematically oriented at DNA computi
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Oct 22, 2009
Finance
Total approved costs
1,235 thou. CZK
Public financial support
1,235 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
1 235 CZK thou.
Public support
1 235 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
IN - Informatics
Solution period
01. 01. 2006 - 31. 12. 2008