Structure and dynamics of DNA nitrogeneous bases, base pairs, oligonucleotides and their complexes with water, ions and drugs
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 8 (SGA02005GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
203/05/0009
Alternative language
Project name in Czech
Struktura a dynamika bází, párů bází nukleových kyselin, oligonukleotidů a jejich komplexů s vodou, ionty a léčivy
Annotation in Czech
Struktura a dynamika nukleových kyselin (NK) je dána intermolekulárními interakcemi mezi komponenty NK a elektronovými vlastnostmi bází nukleových kyselin a cukrfosfátové páteře. Cílem projektu je studium těchto vlastností a interakcí s využitím celé škály nejmodernějších výpočetních technik. Pro studium vlastností izolovaných bází (včetně jejich tautomerů), párů bází vázaných vodíkovými vazbami a párů bází v patrovém uspořádání budou použity metody kvantové chemie na nejvyšší možné dostupné úrovni. Sebelepší výpočty ve vakuu však nemohou poskytnout kompletní obraz o chování NK in vivo, a tudíž je nezbytné zahrnout do našich studií i vliv okolního prostředí. Proto je náš projekt zaměřen rovněž na studium komplexů NK a jejich komponent s vodou, iontya léčivy s využitím jak kvantově-chemického, tak klasického (molekulová dynamika a mechanika) přístupu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Noncovalent interactions of nucleic acid bases and their role to structure, energetics, dynamic and properties of DNA were studied using a variety of state of the art computational methods. Pair interactions were described by accurate quantum chemical pr
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 2, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-GA0-GA-U/04:3
Data delivery date
Dec 16, 2008
Finance
Total approved costs
4,700 thou. CZK
Public financial support
4,700 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK