Conformational dynamics of nucleic acids
Project goals
Studies of structure and dynamics of Nucleic acids (NA) and their relationship to biologiocal functions of NA represents key task of contemporary science. NA three-dimensional structure and dynamics will be investigated by advanced computational methodscombined with X-ray and NMR analyses. The aim is to substantially improve the quality of structure refinement procedures, by predicting the structural and dynamical characteristics of the NA molecular fragments which are essential for reliable refinement. Biologicaly relevant structural motifs will be extracted from X-ray crystallography data and analyzed using state of the art quantum chemical and molecular dynamics calculations. Emphasis will be put on dynamics of the selected NA structural moieties (e.g., out-of-plane vibrations of the atoms involved in NA bases) by calculating their nonharmonic vibrational wave functions. The force-field utilized in the refinements will be re-parametrized accordingly. The wave functions will in turn be
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 8 (SGA02005GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
203/05/0388
Alternative language
Project name in Czech
Konformační dynamika nukleových kyselin
Annotation in Czech
Studium struktury a dynamiky nukleových kyselin (NK) a jejich vztah k biologickým funkcím NK představuje klíčové téma současné vědy. Struktura a dynamika NK budou zkoumány užitím moderních výpočetních metod v kombinaci s krystalografickou a NMR analýzou.Cílem projektu je zásadním způsobem zlepšit kvalitu procedury strukturní rafinace molekulových fragmentů NK výpočtem jejich strukturních a dynamických parametrů. Biologicky relevantní strukturní motivy budou vybrány z příslušných krystalografických dat adále analyzovány užitím metod kvantové chemie a molekulové dynamiky. Důraz bude kladen na dynamické chování vybraných fragmentů strukturních motivů NK (například mimorovinný pohyb atomů bází nukleových kyselin) výpočtem příslušné neharmonické vibrační vlnové funkce. Silové pole užité pro rafinace biomolekulárních struktur bude příslušně reparamatrizováno. Vibrační vlnová funkce bude použita ke středování povrchů parametrů NMR (posun, spin-spinová štepící konstanta,CSA). Zprůměrované NMR parametry
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
10403 - Physical chemistry
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Applied theoretical methods including the calculation methods of quantum chemistry and molecular dynamics, the theoretical modelling of NMR spectroscopy parameters and the structural X-ray database studies allowed for complex research of the problematics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 2, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-GA0-GA-U/04:3
Data delivery date
Dec 16, 2008
Finance
Total approved costs
4,707 thou. CZK
Public financial support
4,707 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 707 CZK thou.
Public support
4 707 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Solution period
01. 01. 2005 - 31. 12. 2007