Conformational dynamics of nucleic acids
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 8 (SGA02005GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
203/05/0388
Alternative language
Project name in Czech
Konformační dynamika nukleových kyselin
Annotation in Czech
Studium struktury a dynamiky nukleových kyselin (NK) a jejich vztah k biologickým funkcím NK představuje klíčové téma současné vědy. Struktura a dynamika NK budou zkoumány užitím moderních výpočetních metod v kombinaci s krystalografickou a NMR analýzou.Cílem projektu je zásadním způsobem zlepšit kvalitu procedury strukturní rafinace molekulových fragmentů NK výpočtem jejich strukturních a dynamických parametrů. Biologicky relevantní strukturní motivy budou vybrány z příslušných krystalografických dat adále analyzovány užitím metod kvantové chemie a molekulové dynamiky. Důraz bude kladen na dynamické chování vybraných fragmentů strukturních motivů NK (například mimorovinný pohyb atomů bází nukleových kyselin) výpočtem příslušné neharmonické vibrační vlnové funkce. Silové pole užité pro rafinace biomolekulárních struktur bude příslušně reparamatrizováno. Vibrační vlnová funkce bude použita ke středování povrchů parametrů NMR (posun, spin-spinová štepící konstanta,CSA). Zprůměrované NMR parametry
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Applied theoretical methods including the calculation methods of quantum chemistry and molecular dynamics, the theoretical modelling of NMR spectroscopy parameters and the structural X-ray database studies allowed for complex research of the problematics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 2, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-GA0-GA-U/04:3
Data delivery date
Dec 16, 2008
Finance
Total approved costs
4,707 thou. CZK
Public financial support
4,707 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK