All
All

What are you looking for?

All
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Structure and Properties of Modified Components of Nucleic Acids

Project goals

Nuclear magnetic resonance (NMR) is one of the most frequently applied, efficient and universal analytical method for providing structural information including intermolecular interactions. In this project, we propose to study the structure and properties of the modified components of nucleic acids (MCNA), i.e. modified nucleobases, nucleosides and nucleotides, by means of experimental NMR (high-resolution liquid NMR and solid-state NMR), calculation of the NMR parameters (nuclear shielding constants and coupling constants both for isolated molecules and for crystals) and molecular modeling. More specifically, we propose to study a) MCNA protonation-deprotonation and tautomerism, b) internal dynamics of nucleic acid bases, and c) the conformation of MCNA sugar part. In experimental NMR work, we would like to lay stress on dynamically growing areas such as NMR crystallography or application of residual dipolar couplings (RDCs) to small molecules.

Keywords

NMR spectroscopyNMR crystallographycalculation of NMR parametersmolecular modelingmodified nucleosidestautomerismbase-pairingconformation

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    Standardní projekty 17 (SGA0201300005)

  • Main participants

    Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    13-24880S

Alternative language

  • Project name in Czech

    Struktura a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin

  • Annotation in Czech

    Nukleární magnetická rezonance (NMR) je jednou z nejpoužívanějších, nejefektivnějších a nejuniverzálnějších analytických metod při získávání strukturních informací včetně intermolekulárních interakcí. V tomto projektu navrhujeme studovat strukturu a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin (MCNA), tj. modifikovaných bází nukleových kyselin, nukleosidů a nukleotidů pomocí experimentální NMR (NMR s vysokým rozlišením v kapalné a pevné fázi), výpočtu NMR parametrů (jaderné stínící konstanty a interakční konstanty jak pro izolované molekuly tak pro krystaly) a molekulového modelování. Konkrétně navrhujeme studovat a) protonaci-deprotonaci a tautomerii MCNA, b) vnitřní dynamiku bází nukleových kyselin, a c) konformaci cukerné části MCNA. V experimentální NMR bychom se rádi zaměřili na dynamicky se rozvíjející oblasti, jako je NMR krystalografie nebo aplikace zbytkových dipolárních kaplinků (RDC) pro malé molekuly.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    CB - Analytical chemistry, separation

  • CEP - secondary branch

    CC - Organic chemistry

  • CEP - another secondary branch

    CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

  • 10401 - Organic chemistry
    10403 - Physical chemistry
    10406 - Analytical chemistry

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    The research team has achieved significant results in NMR spectroscopy of nucleic acids components modified in nucleobase or sugar moiety. Development of NMR as a tool for nucleic acid study is useful for a wider scientific community interested in these compounds. Participation of students is appreciated.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Feb 1, 2013

  • Realization period - end

    Dec 31, 2015

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Apr 10, 2015

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP16-GA0-GA-U/01:1

  • Data delivery date

    Sep 25, 2017

Finance

  • Total approved costs

    6,006 thou. CZK

  • Public financial support

    6,006 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK

Basic information

Recognised costs

6 006 CZK thou.

Public support

6 006 CZK thou.

100%


Provider

Czech Science Foundation

CEP

CB - Analytical chemistry, separation

Solution period

01. 02. 2013 - 31. 12. 2015