Novel Insight into the Structure and Dynamics of Nucleic Acid Backbone by Means of Advanced DFT-MD Calculations and 31P NMR Spectroscopy
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-13436S
Alternative language
Project name in Czech
Nový vhled do struktury a dynamiky páteře nukleových kyselin užitím pokročilých DFT-MD výpočtů a 31P NMR spektroskopie
Annotation in Czech
Tento teoreticko-experimentálni projekt je zaměřen na určení struktury a dynamiky cukr-fosfátové páteře nukleových kyselin pomocí ab initio NMR a molekulově dynamických výpočetních metod a originálního 31P NMR experimentu. Výzkum bude zaměřen zejména na významný chemický segment a hlavní strukturně-dynamický element páteře nukleových kyselin - fosfátou skupinu, která nebyla dosud plně využívána vzhledem k obtížné interpretaci NMR spekter a problematickému chování existujích empirických silových polí. Nová metoda pro věrohodnou interpretaci NMR parametrů bude vyvinuta a kalibrována pomocí DFT-MD výpočtů a NMR experimentů. Tato metoda bude následně aplikována na určení struktury páteře nukleových kyselin kanonických DNA motivů a obtížných nekanonických RNA motivů. Tímto způsobem bude dále porovnána přesnost a věrohodnost existujících silových polí pro molekulově dynamické simulace nukleových kyselin a to v přímé korelaci s NMR experimentem.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
—
Latest support payment
Jun 9, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 22, 2022
Finance
Total approved costs
3,758 thou. CZK
Public financial support
3,492 thou. CZK
Other public sources
266 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK