Toward Improved Description of Nucleic Acid Backbone: Developing Force Field Torsion Parameters.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 15 (SGA0201400003)
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-29874P
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj torzních parametrů silového pole za účelem zlepšeného popisu cukr-fosfátové páteře nukleových kyselin.
Annotation in Czech
Přesnost molekulárně dynamických simulací nukleových kyselin kriticky závisí na kvalitě použitého silového pole. Celková struktura molekuly i její konformační rovnováha je ovlivňována zejména torzními parametry silového pole. V posledních letech byly zaznamenány problémy v popisu torzních profilů nukleových kyselin současnými silovými poli, přičemž nové problémy stále vyvstávají. Ve snaze o zlepšení jsme navrhli novou metodu na odvozování torzních parametrů, která zohledňuje dříve opomíjené solvatační efekty, jejichž zahrnutí se ukázalo jako stěžejní pro správný popis torzních profilů. Předložený projekt je zaměřen na aplikaci a další vývoj parametrizační procedury a návrh nových torzních parametrů, které dovolí spolehlivé simulace rozmanitých forem nukleových kyselin na dlouhých (mikrosekundových) časových škálách. Součástí projektu je odhalení a objasnění potenciálních problémů v molekulárně dynamických simulacích nukleových kyselin, testování a verifikace nově navržených torzních parametrů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project has met its goals, i.e. improved parameterization of empirical force fields for nucleic acids that is now the recommended choice in Amber. More accurate description of DNA structures (B-DNA, the G-DNA and Z-DNA) was achieved. Situations that require further refinement were described. The output is 5 published articles and one submitted, the recipient only once is not the first author.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 17, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GP-U/01:1
Data delivery date
Jun 30, 2017
Finance
Total approved costs
1,335 thou. CZK
Public financial support
1,335 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK