Development of precise molecular mechanic force fields for vibrational spectroscopy
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 10 (SGA02010GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P208-10-P356
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj přesných molekulově-mechanických silových polí pro vibrační spektroskopii
Annotation in Czech
Dynamické studie makromolekul za použití molekulově-mechanických silových polí jsou hlavním nástrojem pro teoretické modelování biochemických dějů. U proteinů např. umožňují pochopit jejich denaturaci, re-folding, či vazbu ligandů. Existující silová polese liší kvalitou, složitostí a použitelností na konkrétní typy molekul (proteiny, nukleové kyseliny apod.). Přitom parametrizace polí je často jen přibližná a závislá na referenční datech. Proto v projektu navrhujeme použít pokročilé metody vibrační spektroskopie jako relativně snadno dostupný standard. Spektra poskytují cenné informace o struktuře, flexibilitě, dynamickém chování látek, jejich afinitě k okolí, či elektrostatickém chování jednotlivých částí molekuly. V projektu budeme rozvíjet originální metody zejména pro analýzu polarizovaných (opticky aktivních) spekter. Kombinací kvantových a molekulově-dynamických výpočtů, a spektrálních dat tak získáme nástroj k novým aplikacím zahrnujícím zejména flexibilní látky a využívající dynamiky, solvataci a komplexační aktivitu molekul.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The main result is advanced theoretical analysis of vibrational spectra of selected molecules. The results, adequately described in the closing summary, bring about a progress in the interpretation of vibrational spectra. The output is seven original articles with multiple dedications in IF journals. Failure to comply with the rules of the grant or disbursement of funds were not identified.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-GA0-GP-U/03:3
Data delivery date
May 2, 2016
Finance
Total approved costs
785 thou. CZK
Public financial support
785 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK