Ultrafast genome mapping and DNA sequence analysis by pulsed field electrophoresis in short capillaries
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Ústav analytické chemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
—
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Superrychlé mapování genomu a analýza sekvencí DNA pulzní elektroforézou v krátkých kapilárách
Annotation in Czech
Cílem tohoto projektu je vyvinout metodu pulzní elektroforézy v krátkých kapilárách jako rutinní technologii pro superrychlé diagnostické sekvencování DNA a pro analýzu restrikčních fragmentů genomové DNA o megabázových velikostech. K zavedení krátkých kapilár jsme byli inspirováni na základě našich dřívějších pozorování vysoké separační schopnosti na rozhraní volný elektrolyt-roztok polymeru. Náš projekt také zahrnuje pokus uskutečnit separaci biopolymerů na pevné nebo kapalné polymerní membráně. Jak vyplývá z našich předběžných modelových separací v krátkých kapilárách při vyšších teplotách, může být stanovena sekvence až 300 bází, což je dostačující délka pro diagnostické sekvencování, za 3 minuty. Další zlepšení délky čtení sekvence v kapilárách jemožné očekávat při použití pulzního pole. Kapilární elektroforéza v pulzním poli bude použita také v genetickém výzkumu bakteriofágů a patogenních bakterií. Tato technika nám umožní zvýšit horní délkový limit kapilární elektroforézy pro mapování genomu
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
CB - Analytical chemistry, separation
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10406 - Analytical chemistry<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Kapilární elektroforéza v pulzním poli představuje v současné době jednu z nejvyužívanějších metodik i ve srovnání se světem. Mapování genomu rovněž je předmětem zájmu všech vyspělých zemí, a proto je možno hodnotit výsledky tohoto projektu za velmi dobr
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1997
Realization period - end
Jan 1, 1999
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2000/GA0/GA00GA/U/6:2
Data delivery date
—
Finance
Total approved costs
2,465 thou. CZK
Public financial support
1,650 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK