Integration preference of retroviruses
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
204/07/1030
Alternative language
Project name in Czech
Integrační preference retrovirů
Annotation in Czech
Pomocí mapování klonovaných integračních míst jsme zjistili, že proviry HIV-1 se integrují přednostně do GC bohatých oblastí genomu, s velkou hustotou genů v cytogenetických R pruzích. Již jsme také sekvenovali 57 integračních míst viru Rousova sarkomu (RSV) a zamapovali je do kuřecího genomu. To může být zajímavé pro využití RSV jako genového vektoru a pro evoluční srovnání. Základní vlastností kuřecího genomu je přítomnost mikrochromozómů a velká hustota genů. Nehledě na významná metodická vylepšení,stále existuje potřeba spolehlivé, nepředpojaté a účinné techniky sekvenční analýzy integračních míst. Navrhujeme proto alternativní přístup, založený na schopnosti restrikčních endonukleáz typu II štěpit cílovou DNA několik nukleotidů "downstream" od rozpoznávané sekvence. Integrace retroviru s vloženým restrikčním místem na konec U5 segmentu 3´LTR umožní klonování krátkého spojeného fragmentu LTR a přilehlé buněčné DNA. Dále zavedeme metodiku pro identifikaci cílových míst integrace dovolujících
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
FD - Oncology and haematology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30204 - Oncology<br>30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 22, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Jan 22, 2015
Finance
Total approved costs
4,218 thou. CZK
Public financial support
4,218 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK