Integration preference of retroviruses
Project goals
We have described by mapping of cloned integration sites that HIV-1 proviruses integrate preferentially into GC-rich genomic compartments with high gene density and into cytogenetic R bands. Furthermore, we sequenced 57 integration sites of Rous sarcomavirus (RSV) and mapped them on the chicken draft genome assembly. This would be interesting for the potential use of RSV as a gene vector and for comparison of genome evolution. One basic property of the chicken genome is the presence of microchromosomesand a high density of genes. Despite the significant methodological progress, there is still a need for reliable, unbiased and high throughput technique of integration site sequence analysis. We therefore suggest an alternative approach based on the ability of type II restriction endonucleases to cleave the target DNA several nucleotides downstream from their recognition sequence. Integration of a retrovirus with inserted restriction site at the very end of U5 segment of the 3´LTR enables the
Keywords
Retrovirusesintegration targetingintegration sitescloningsequencing
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
204/07/1030
Alternative language
Project name in Czech
Integrační preference retrovirů
Annotation in Czech
Pomocí mapování klonovaných integračních míst jsme zjistili, že proviry HIV-1 se integrují přednostně do GC bohatých oblastí genomu, s velkou hustotou genů v cytogenetických R pruzích. Již jsme také sekvenovali 57 integračních míst viru Rousova sarkomu (RSV) a zamapovali je do kuřecího genomu. To může být zajímavé pro využití RSV jako genového vektoru a pro evoluční srovnání. Základní vlastností kuřecího genomu je přítomnost mikrochromozómů a velká hustota genů. Nehledě na významná metodická vylepšení,stále existuje potřeba spolehlivé, nepředpojaté a účinné techniky sekvenční analýzy integračních míst. Navrhujeme proto alternativní přístup, založený na schopnosti restrikčních endonukleáz typu II štěpit cílovou DNA několik nukleotidů "downstream" od rozpoznávané sekvence. Integrace retroviru s vloženým restrikčním místem na konec U5 segmentu 3´LTR umožní klonování krátkého spojeného fragmentu LTR a přilehlé buněčné DNA. Dále zavedeme metodiku pro identifikaci cílových míst integrace dovolujících
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
FD - Oncology and haematology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30204 - Oncology
30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 22, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Jan 22, 2015
Finance
Total approved costs
4,218 thou. CZK
Public financial support
4,218 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 218 CZK thou.
Public support
4 218 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2007 - 31. 12. 2009