All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Genome-wide mapping of cis-regulatory elements controlling transcription in barley embryo

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    SGA0202100005

  • Main participants

    Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    21-18794S

Alternative language

  • Project name in Czech

    Celogenomové mapování cis-regulačních elementů kontrolujících transkripci v embryu ječmene

  • Annotation in Czech

    Genová exprese je řízena souhrou transkripčních faktorů a nekódujících cis-regulačních elementů (CRE) - promotorů, enhancerů a silencerů. Asociační mapování u kukuřice naznačilo spojitost CRE s lokusy ovlivňujícími agronomicky významné kvantitativní znaky na úrovni exprese (eQTL), proto se mapování vzdálených elementů a nalezení jejich cílových genů stávají perspektivním zdrojem informací pro šlechtění plodin a bioinženýrství. V navrhovaném projektu se zaměříme na přesné vymezení a charakterizaci promotorů a předpokládaných enhancerů v embryu ječmene. K tomu budou využita dostupná RNAseq data pro dvě vývojová stádia embrya, která budou kombinována s daty získanými Cap analýzou genové exprese a profily přístupného chromatinu, histonových modifikací a metylace DNA. Interakce enhancerů s jejich cílovými sekvencemi budou identifikovány pomocí techniky Hi-ChIP. Takto navržené CRE a vytvořené mapy chromatinových stavů a interaktomu embrya poslouží k lepší funkční anotaci genomu ječmene. Srovnání epigenomů ve dvou stádiích vývoje embrya objasní procesy řídící vývoj zrna u obilovin.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • OECD FORD - main branch

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

  • OECD FORD - secondary branch

  • OECD FORD - another secondary branch

  • CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    EB - Genetics and molecular biology

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Apr 1, 2021

  • Realization period - end

    Dec 31, 2024

  • Project status

    K - Ending multi-year project

  • Latest support payment

    Mar 6, 2023

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP24-GA0-GA-R

  • Data delivery date

    Feb 19, 2024

Finance

  • Total approved costs

    5,955 thou. CZK

  • Public financial support

    5,955 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK