Genome-wide mapping of cis-regulatory elements controlling transcription in barley embryo
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202100005
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
21-18794S
Alternative language
Project name in Czech
Celogenomové mapování cis-regulačních elementů kontrolujících transkripci v embryu ječmene
Annotation in Czech
Genová exprese je řízena souhrou transkripčních faktorů a nekódujících cis-regulačních elementů (CRE) - promotorů, enhancerů a silencerů. Asociační mapování u kukuřice naznačilo spojitost CRE s lokusy ovlivňujícími agronomicky významné kvantitativní znaky na úrovni exprese (eQTL), proto se mapování vzdálených elementů a nalezení jejich cílových genů stávají perspektivním zdrojem informací pro šlechtění plodin a bioinženýrství. V navrhovaném projektu se zaměříme na přesné vymezení a charakterizaci promotorů a předpokládaných enhancerů v embryu ječmene. K tomu budou využita dostupná RNAseq data pro dvě vývojová stádia embrya, která budou kombinována s daty získanými Cap analýzou genové exprese a profily přístupného chromatinu, histonových modifikací a metylace DNA. Interakce enhancerů s jejich cílovými sekvencemi budou identifikovány pomocí techniky Hi-ChIP. Takto navržené CRE a vytvořené mapy chromatinových stavů a interaktomu embrya poslouží k lepší funkční anotaci genomu ječmene. Srovnání epigenomů ve dvou stádiích vývoje embrya objasní procesy řídící vývoj zrna u obilovin.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Mar 6, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
5,955 thou. CZK
Public financial support
5,955 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK