Identification and biophysical characterization of regulatory DNA elements of the gene for main pluripotency factor POU5F1
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 3 (SGA0201700002)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-19170Y
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace a biofyzikální charakterizace regulačních elementů DNA genu hlavního faktoru pluripotence POU5F1
Annotation in Czech
Gen pou5f1 je klíčový regulátor buněčné pluripotence, proto podléhá jeho exprese velmi přísné a komplexní regulaci. V předchozím projektu jsme identifikovali guaninový kvadruplex v těsné blízkosti počátku transkripce genu pou5f1 a ukázali jeho vliv na expresi reportérského genu; samotná sekundární struktura genomové DNA tedy může fungovat jako regulátor exprese. V regulační oblasti genu pou5f1 však existuje řada dalších míst s potenciálem tvorby konformací DNA odlišných od regulérní dvoušroubovice. Tato místa jsou mezidruhově značně konzervována. Jejich lokalizace je především v oblastech proximálního a distálního enhanceru, přičemž aktivita těchto dvou enhancerů se liší v závislosti na dalším osudu buňky. Pomocí kombinace chemického a enzymatického sondování in vitro a in vivo na DNA linie myšího teratokarcinomu identifikujeme strukturně-regulační DNA elementy v příslušné oblasti genu pou5f1 v závislosti na diferenciačním stavu buňky. Dále provedeme biofyzikální charakterizaci těchto elementů a, především, jejich mutantů pomocí spektroskopických a elektroforetických metod.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project team accomplished main research objectives and characterized biophysically non-B-DNA elements of the pou5f1 promoter. Students participated at the project. Project results were presented at international conferences. Five published papers in impacted international scientific journals are excellent outcomes of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 3, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GJ-U/04:1
Data delivery date
Jul 23, 2020
Finance
Total approved costs
3,679 thou. CZK
Public financial support
3,553 thou. CZK
Other public sources
126 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK