Role of guanine quadruplexes in chromatin architecture mediated by CTCF protein
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202200004
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-29738S
Alternative language
Project name in Czech
Role guaninových kvadruplexů v architektuře chromatinu zprostředkované interakcí s proteinem CTCF
Annotation in Czech
Regulace genové exprese Eukaryot, zprostředkovaná interakcí promotoru s enhancerem, je částečně realizována organizací těchto regulačních elementů do tzv. topologicky asociovaných domén (TAD). Pravděpodobnost interakce, a tedy uplatnění regulační funkce enhanceru, je výrazně vyšší v rámci jedné TAD než mezi různými. Klíčovou součástí rozhraní jednotlivých TAD je protein CTCF, spojený s kohezinovým komplexem. Nedávno bylo zjištěno pomocí bioinformatických nástrojů, že oblasti rozhraní jednotlivých TAD výrazně korelují s výskytem míst potenciálně tvořících guaninové kvadruplexy (G4). G4 jsou sekundární struktury nukleových kyselin, založené na párování čtyř guaninových zbytků prostřednictvím Hoogsteenových vodíkových vazeb. Existence G4 byla potvrzena in vivo. V rámci projektu prostudujeme interakce různých typů G4 s proteinem CTCF a jeho variantami studiem přímé vazby purifikovaných molekul pomocí molekulárně-biologických a biofyzikálních metod a s využitím reportérského systému v buněčném modelu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Mar 7, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
4,889 thou. CZK
Public financial support
4,889 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK