Segmentation and tracking of cells with complex shapes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202100005
Main participants
Masarykova univerzita / Fakulta informatiky
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
21-20374S
Alternative language
Project name in Czech
Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem
Annotation in Czech
Segmentace a sledování živých buněk v obrazech z mikroskopu patří do bio-obrazové informatiky. Buňky mohou mít velmi složité nekonvexní tvary (např. s různými výběžky vycházejícími z buněčné membrány), které je obtížné segmentovat obvzlášť v hustých buněčných populacích. V reálných obrazech se může současně vyskytovat mnoho různých tvarů buněk a v dvoudimenzionálních obrazech se mohou dokonce překrývat. Problém segmentace instancí, tj. úloha nalezení jednotlivých objektů v obraze, je v moderních metodách hlubokého učení typicky definována jako klasifikační problém na úrovni pixelů. To je však pro komplikované a potenciálně překrývající se tvary velmi omezující. Smyslem tohoto projektu je nalézt nové metodologie, algoritmy a reprezentace pro lepší segmentaci a sledování buněk se složitými tvary. Naše výsledky pomohou nejen analyzovat mikroskopické obrazy živých buněk s vyšší přesností a mírou detailu, ale povedou k novým výsledkům v oblasti segmentace obrazu, sledování objektů a reprezentace tvaru.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>IN - Informatics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
—
Latest support payment
Mar 2, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
May 21, 2024
Finance
Total approved costs
6,120 thou. CZK
Public financial support
5,100 thou. CZK
Other public sources
1,020 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK