Multi-modal live cell image segmentation and tracking
Project goals
Live cell segmentation and tracking problems belong to bioimage informatics and are crucially important in current cell research. A recent objective evaluation of state-of-the-art cell tracking algorithms showed that the problem is far from being solved. In particular, concentrated research is needed for dense and heterogeneous cell populations and imaging modalities that do not allow specific target labeling. We want to design and develop easy-to-use hierarchical segmentation and tracking methods suitable for different imaging modalities and their combinations that would work also for heterogeneous cell populations. We want to study the method performance based on real as well as simulated images. The methods will be tested based on benchmark data sets generally accepted by the biomedical informatics community as well as novel challenging data sets. The project will contribute to understanding how to tackle difficult segmentation and tracking problems in multi-dimensional time-lapse images.
Keywords
image processingimage analysisimage segmentationcell trackingshape analysisoptical microscopymulti-modal imaging
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Masarykova univerzita / Fakulta informatiky
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-05048S
Alternative language
Project name in Czech
Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech
Annotation in Czech
Segmentace a sledování pohybu živých buněk patří do oblasti zpracování biomedicínských obrazů a jsou extrémně důležité v současném výzkumu buněk. Nedávná studie nejmodernějších metod sledování pohybu buněk prokázala, že problém segmentace a sledování pohybu není po informatické stránce dosud uspokojivě vyřešen. Zejména je nutný výzkum a vývoj technik vhodných pro heterogenní buněčné populace a pro zobrazovací techniky, které neumožňují specifické označení sledovaných objektů. V projektu budeme vyvíjet metody pro hierarchickou segmentaci a sledování pohybu, které budou vhodné pro různé obrazové modality a jejich kombinace a budou jednoduše použitelné zejména pro heterogenní buněčné populace. Dále budeme studovat chování a možnosti metod na reálných i simulovaných obrazech. Navržené metody budeme testovat na obrazových datech z veřejných srovnávacích databází akceptovaných biomedicínskou komunitou ale i nově generovaných obrazech. Projekt přispěje k řešení obtížných problémů při segmentaci a sledování pohybu objektů ve vícedimenzionálních časosběrných obrazových záznamech.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
—
Latest support payment
Apr 3, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
6,051 thou. CZK
Public financial support
3,936 thou. CZK
Other public sources
2,076 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
6 051 CZK thou.
Public support
3 936 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
IN - Informatics
Solution period
01. 01. 2017 - 31. 12. 2021