The fascinating physical chemistry of DNA studied by advanced computations
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202100005
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
21-23718S
Alternative language
Project name in Czech
Studium fascinující fyzikální chemie DNA pomocí pokročilých výpočetních metod
Annotation in Czech
Široké spektrum nekanonických forem molekul DNA bude studováno pomocí standardních a speciálních atomistických molekulově-dynamických simulací, které budou doplněny pokročilými kvantově-chemickými výpočty, v úzké spolupráci s předními experimentálními laboratořemi. Cílem je porozumění unikátním fyzikálně-chemickým vlastnostem těchto molekul, které jsou klíčové pro jejich biologické funkce a použití v nanotechnologiích. Mnohé ze studovaných vlastností jsou nepřístupné přímé experimentální charakterizaci. Mezi studovaná témata budou patřit principy sbalování guaninových kvadruplexů, krátkých vlásenek bohatých na guanin a i-DNA. Dále bude studována vazba heminu na guaninový kvadruplex a reakční mechanismus DNA-hemin enzymu, sekvenční závislost schopnosti DNA Hollidayova spoje tvořit krystalové struktury a vybrané problémy fotochemie DNA a poškození UV zářením. Značná pozornost bude věnována metodologické stránce, včetně zlepšení popisu vodíkových vazeb v silovém poli AMBER a nalezení postupů pro charakterizaci tranzitních ansámblů ve sbalování nekanonických forem DNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
P - Interrupted multi-year project
Latest support payment
Mar 10, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
5,538 thou. CZK
Public financial support
5,538 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK