Ultimate screening of wild barley genomes for panicoid DNA: a further step towards delimiting the foreign-ome in Hordeum
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202200004
Main participants
Botanický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-02469S
Alternative language
Project name in Czech
Charakterizace kompletní panikoidní DNA u divokých ječmenů jakožto významný krok k vymezení cizorodé složky v genomu ječmene
Annotation in Czech
Pangenom představuje veškerou genetickou výbavu daného taxonu. Vedle vlastního genomu je součástí pangenomu i cizorodá DNA, získaná z blízce či vzdáleně příbuzných druhů horizontálním přenosem. Tato cizorodá DNA může přinášet hostitelskému druhu evoluční výhody. Míra přenosu cizorodé DNA, její stabilita a dědičnost do dalších generací, podobně jako evoluční konsekvence tohoto fenoménu jsou přesto u rostlin téměř neznámé. Pro studium přenosu a evoluce cizorodé DNA jsou vhodným modelem zástupci rodu ječmen (Hordeum, Pooideae). Druhy sekce Stenostachys totiž získaly cizorodou DNA včetně protein-kódujících genů z pěti rodů panikoidních trav (Panicoideae) v důsledku nejméně devíti přenosů. Cílem projektu je pomocí celogenomového sekvenování a následných bioinformatických a cytogenetických analýz odhalit rozsah a povahu cizorodé DNA u ječmenů. Charakterizace panikoidní DNA u ječmenů pomůže odhalit mechanismy horizontálního přenosu, evoluci a dynamiku cizorodé DNA v hostitelských genomech, a případnou roli cizorodých protein-kódujících genů v evoluci ječmenů sekce Stenostachys.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - secondary branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - another secondary branch
10611 - Plant sciences, botany
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EA - Morphology and cytology<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EF - Botany
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
—
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
10,392 thou. CZK
Public financial support
10,392 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK