Towards atomistic understanding of the first moments in the life of protein

Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemicko-inženýrská
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-05557S

Project name in Czech
Vstříc atomárnímu pochopení prvních okamžiků života proteinu
Annotation in Czech
Syntéza proteinů je jedním z nejdůležitějších biochemických dějů, které v živých organismech probíhají. V tzv. ribozomech jsou aminokyseliny jedna po druhé propojovány chemickými vazbami, aby vytvořily nevětvený řetízek, protein. Důležitou součástí ribozomu je tunel, kterým rodící se protein uniká ven do prostoru buňky. Vzhledem k délce tunelu (asi 10 nm) je potřeba propojit nejméně 30 aminokyselin, než první z nich opustí ribozom. Informací o tom, jak první aminokyselina, tzv. N-konec proteinu, putuje tunelem, je překvapivě málo. Přitom ribozomální tunel není jen pasivním prostorem. Jeho stěny jsou rozmanité co do složení, dynamiky, elektrostatických interakcí, solvatačních vlastností, aj. Předkládaný projekt si klade za cíl popsat tyto první okamžiky života proteinu, tedy chvíle před tím, než N-konec opustí ribozom. Pomocí počítačových simulací a molekulového modelování bude studován průchod N-konce zúžením tunelu v jeho první třetině a také rozdíly v průchodu proteinu ribozomy různých organismů.

R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics

Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024

Similar projects(10)