Structure and dynamics of the ribosome exit tunnel
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 5 (SGA0201900002)
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemicko-inženýrská
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-06479Y
Alternative language
Project name in Czech
Struktura a dynamika peptidového tunelu v ribozomu
Annotation in Czech
Ribozom je velký biomolekulový komplex, který katalyzuje vznik peptidových vazeb mezi aminokyselinami. Produkuje drtivou většinu proteinů v živých organizmech v procesu zvaném translace. Aktivní místo ribozomu se nachází uvnitř jeho velké podjednotky. Protein ve stavu zrodu opouští ribozom skrz tunel, jehož stěny jsou tvořeny ribozomální RNA a třemi ribozomálními proteiny. Jejich přesná funkce není známa. Protože části těchto tří proteinů sahají z tunelu až na povrch ribozomu, předpokládá se, že alostericky zprostředkovávají informace o proteinu ve stavu zrodu směrem do cytosolu. Předkládaný projekt je zaměřen na dynamiku proteinových částí tunelu a jejího vztahu k obsahu tunelu. Pomocí masivních molekulárních simulací a analýz strukturních databází budeme studovat přenos alosterického signálu na povrch ribozomu a vliv proteinu ve stavu zrodu na dynamiku proteinových částí tunelu. Hlavním výsledkem projektu bude popis těchto jevů na atomární úrovní prezentovaný písemně v přibližně 5 recenzovaných článcích a ústně na národních a mezinárodních konferencích.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
—
Latest support payment
May 12, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GJ-R
Data delivery date
Feb 21, 2022
Finance
Total approved costs
3,611 thou. CZK
Public financial support
3,611 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK