Novel regulatory RNAs interacting with the transcription machinery in bacteria
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-05622S
Alternative language
Project name in Czech
Nové regulační RNA interagující s bakteriálním trankripčním systémem
Annotation in Czech
Mezi bakteriemi jsou časté 6S RNA regulační molekuly, které interagují s RNA polymerázou (RNAP) v komplexu s hlavním sigma faktorem. U Mycobacterium smegmatis jsme objevili nový typ malé RNA, která se váže na jádro RNAP, pojmenovali jsme ji Ms1 a ukázali jsme, že Ms1 ovlivňuje množství RNAP. Ms1 jsme našli i u jiných aktinobakterií, např. scr3559 sRNA váže jádro RNAP ve Streptomyces coelicolor. Plánujeme provést RIP-seq (RNA imunoprecipitaci a sekvenování nové generace), abychom identifikovali všechny RNA interagující s transkripčním aparátem u M. tuberculosis, Bifidobacterium bifidum a Corynebacterium glutamicum, kde dosud nebyla nalezena ani 6S ani Ms1. Naše předběžné výsledky ukazují, že kromě 6S/Ms1 se na bakteriální RNAP váží i další RNA. Tyto nové RNA rozšiřují možné mechanismy regulace bakteriální transkripce a my se zaměříme na jejich funkci. 6S RNA a Ms1 RNA byly nalezeny jako první, protože je jich v bakteriích veliké množství, ale jiné, méně exprimované regulační RNA čekají na své objevení.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Mar 27, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
10,938 thou. CZK
Public financial support
10,938 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK