Novel regulatory RNAs interacting with the transcription machinery in bacteria
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-05622S
Alternative language
Project name in Czech
Nové regulační RNA interagující s bakteriálním trankripčním systémem
Annotation in Czech
Mezi bakteriemi jsou časté 6S RNA regulační molekuly, které interagují s RNA polymerázou (RNAP) v komplexu s hlavním sigma faktorem. U Mycobacterium smegmatis jsme objevili nový typ malé RNA, která se váže na jádro RNAP, pojmenovali jsme ji Ms1 a ukázali jsme, že Ms1 ovlivňuje množství RNAP. Ms1 jsme našli i u jiných aktinobakterií, např. scr3559 sRNA váže jádro RNAP ve Streptomyces coelicolor. Plánujeme provést RIP-seq (RNA imunoprecipitaci a sekvenování nové generace), abychom identifikovali všechny RNA interagující s transkripčním aparátem u M. tuberculosis, Bifidobacterium bifidum a Corynebacterium glutamicum, kde dosud nebyla nalezena ani 6S ani Ms1. Naše předběžné výsledky ukazují, že kromě 6S/Ms1 se na bakteriální RNAP váží i další RNA. Tyto nové RNA rozšiřují možné mechanismy regulace bakteriální transkripce a my se zaměříme na jejich funkci. 6S RNA a Ms1 RNA byly nalezeny jako první, protože je jich v bakteriích veliké množství, ale jiné, méně exprimované regulační RNA čekají na své objevení.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
10,938 thou. CZK
Public financial support
10,938 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK