Real-time determination of infection threats from raw nanopore signals using machine learning techniques
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Vysoké učení technické v Brně / Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-05845S
Alternative language
Project name in Czech
Určování infekčních hrozeb v reálném čase ze surových nanoporových signálů pomocí technik strojového učení
Annotation in Czech
Nanopórové sekvenování se díky nízkým pořizovacím nákladům, konektivitě, miniaturním sekvenátorům, jednoduché extrakci vzorků a přípravě sekvenační knihovny, stává budoucností sekvenace DNA. Je dostupné i pro malé laboratoře nebo terénní pracoviště na celém světě. Navíc umožňuje mnohem širší využití sekvenačních dat, kde z přímého sekvenování nativní DNA i bez předchozí chemické modifikace jsme schopni zjistit nejen čistě genetickou informaci, ale i cenná epigenetická data umožňující predikci fenotypu. Tím můžeme díky jednomu přístroji, na základě jednoho sekvenačního běhu identifikovat a kvantifikovat mikrobiální kmeny, profilovat antimikrobiální rezistenci nebo detekovat strukturální variace. K tomu všemu jsou zapotřebí velmi pokročilé nástroje pro postsekvenační zpracování genetické informace. Těmi ovšem ztrácíme největší výhodu nanopórového sekvenování – přístup k sekvenačním datům již v průběhu sekvenace. Námi navrhovaný způsob zachovává přístup v reálném čase, díky zpracování surového nanopórového signálu, a tím umožňuje okamžité profilování a posouzení infekčních rizik.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
May 16, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
9,517 thou. CZK
Public financial support
9,517 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK