Virus sensing and interferon signaling in avian cells
Project goals
Sensing of viruses and mounting of rapid innate immune response depends on multiple cellular pathways. Key part in this process is played by RIG-I-like receptors (RLR) and by induction of interferons (IFN) by interferon regulatory factors (IRF). The RLR and IFN pathways are best defined in mammals. We will concentrate on characterization of several players of these pathways in birds, where the current level of description is much lower. Birds are important hosts of zoonotic viruses that can spillover into humans. Avian viruses have also large economic impact on poultry industry. We will characterize two newly discovered avian IRFs and determine their involvement in IFN signaling and IFN-stimulated gene activation. Further, we will describe recurrent evolutionary loss of RLRs in birds and describe its functional consequences on the sensing of viral RNA. Lastly, we will continue in our search for discovery of novel GC-rich avian genes that resist current sequencing-based detection.
Keywords
interferoninterferon regulatory factorsviral sensorsavian genome
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-07210S
Alternative language
Project name in Czech
Detekce virů a interferonová signalizace v ptačích buňkách
Annotation in Czech
Detekce virů a navození rychlé vrozené imunitní odpovědi závisí na mnoha buněčných drahách. Klíčovou roli hrají receptory RLR (RIG-I-like receptors) a indukce interferonu (IFN) interferonovými regulačními faktory (IRF). Tyto dráhy jsou nejlépe popsány u savců. Zde se budeme soustředit na charakterizaci několika faktorů těchto drah u ptáků, kde je úroveň poznání nižší. Ptáci jsou důležitými hostiteli zoonotických virů, které se mohou přenést na člověka. Ptačí viry mají také velký dopad na drůbežářský průmysl. Budeme charakterizovat dva nové IRF faktory a určíme jejich zapojení of IFN drah a stimulace IFN-indukovaných genů. Dále popíšeme opakované evoluční ztráty ptačích RLR sensorů a jejich dopad na detekci virové RNA. Budeme také pokračovat v hledání nových GC-bohatých ptačích genů, které jsou problematické pro současné sekvenační metody identifikace.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
10607 - Virology
OECD FORD - another secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
CE - Biochemistry
EB - Genetics and molecular biology
EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
8,083 thou. CZK
Public financial support
8,083 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
8 083 CZK thou.
Public support
8 083 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Solution period
01. 01. 2023 - 31. 12. 2025